中科院昆明动物所姚永刚等构建树鼩基因组数据库
2014年12月09日
来源:中科院昆明动物研究所
作者:通讯员
责任编辑:admin
摘要:为了让众多研究者能方便地访问树鼩基因组的数据资源,获取对树鼩基因功能研究有用的信息或线索,来自姚永刚学科组的范宇和余丹丹整合了现有树鼩基因组相关数据,更新了相关基因预测信息,构建了一个信息含量丰富,使用方便,分析工具齐全的树鼩基因组数据库。
树鼩是一种分布于南亚、东南亚及我国南部地区的小型哺乳动物。由于其与灵长类动物亲缘关系近,且成体个体小,繁殖周期较短,养殖成本低,树鼩具有作为新型实验动物的美好前景,且一直有提议用于替代生物医学研究中使用的非人灵长类动物。
前期中科院昆明动物所动物模型与人类疾病机理重点实验室、深圳华大基因研究院合作完成了树鼩基因组草图,注释了相关基因,从基因组水平证实树鼩是灵长类的近亲,阐明了树鼩用于若干疾病模型创建的遗传基础,该研究结果2013年发表在《Nature Communications》期刊后,掀起了树鼩研究的热潮。树鼩基因组的完成为研究人员提供了大量基础数据,更多关于树鼩基因功能、药物靶点、疾病模型等研究正在如火如荼地进行中。然而,由于种种原因,一些研究人员难以高效的利用这些海量的树鼩基因组数据。为了让众多研究者能方便地访问树鼩基因组的数据资源,获取对树鼩基因功能研究有用的信息或线索,来自姚永刚学科组的范宇和余丹丹整合了现有树鼩基因组相关数据,更新了相关基因预测信息,构建了一个信息含量丰富,使用方便,分析工具齐全的树鼩基因组数据库(http://www.treeshrewdb.org/)。
树鼩基因组数据库设计了3个功能模块组成:检索模块、数据分析模块、数据传送模块。检索模块提供了“一站式”检索功能,使用户可以浏览到树鼩所有注释基因的相关信息,包括基因名、基因位置、基因序列和对应的蛋白质序列、同源基因、基因的功能注释、基因表达谱信息等,而且可以链接到相应的数据库,以便进一步获取信息。数据分析模块整合了一些常用软件,比如Blast,Muscle,GeneWise等,并自主编写了一些序列处理软件,如ExtractSeq,ReverseSeq,TranslateCDS。在数据传送模块,用户可以下载树鼩基因组相关数据、分析结果或将结果传送到个人电子邮箱中。
目前,树鼩基因组数据库已经对外开放。相信该数据库的发布将为树鼩生物学研究提供一个有利的交流平台。关于该数据库的详细描述,近期发表在《Scientific Reports》期刊。文章链接: http://www.nature.com/srep/2014/141121/srep07145/full/srep07145.html
树鼩基因组数据库主界面
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