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实验方法

利用微卫星标记对五指山小型猪近交群的遗传分析&方法及结果

2015年03月04日 浏览量: 评论(0) 来源:广东省实验动物监测所 作者:袁文 王静 刘香梅 闵凡贵 潘金春 王希龙 责任编辑:wlladmin
摘要:分析五指山小型猪近交群的遗传变异及近交程度
1 材料与方法
1.1 材料
五指山小型猪近交群来源于广东省实验动物监测所和广东大华农动物保健品有限公司合作建立的
五指山小型猪繁育基地[SCXK(粤)2008—0022],该近交群采用全同胞交配辅以亲子交配进行近亲繁
育,在引进基础上又近交了二代。随机抽取44头五指山小型猪,无菌采集耳皮肤组织样本,将样
本置于装有酒精的1.5 ml消毒离心管中带回实验室,一20℃ 冰箱保存备用。
1.2 主要试剂
DNA提取试剂盒(E.Z.N.A.Tissue DNA Kit)为Omega公司产品。DNA聚合酶、dNTP mixture、
分了最Marker等购自大连宝生物公司。其余试剂均为进口或国产分析纯。
1.3 DNA提取
使用E.Z.N.A.Tissue DNA Kit提取组织DNA,提取方法依照说明书进行,使用核酸检测仪分析
DNA的纯度和浓度,然后稀释到50 ng/ml DNA,一80~C冰箱保存备用。
1.4 微卫星引物
本实验选择的26对微 星引物及荧光标记,由上海基康生物技术有限公司合成。
1.5 微卫星基因座的多重PCR扩增
26个微 星标记引物分组进行多重PCR扩增,分组原则按照文献l 5I进行(表1)。PCR反应体系为
20 ml,DNA模板2.0 ml、10 X Bufer 1.5 rnl、dNTP mixture 1.5 ml、多重引物混合液3 ml、TaqDNA聚
合酶0.5 ml,最后补H 0至20 。反应条件为:95℃预变性10 min,94~C变性45 S,55℃退火1.5 min,72℃延伸1 min,共进行35个循环,最后72℃延伸10 min。
1.6 微卫星基因座的扫描
将多重PCR产物送上海英俊生物技术有限公一J进行基因扫描,使用的测序仪为ABI3700, 电泳
扫描检测的条件为:PCR产物1 rnl, 内标ROX 500 0.2 ml,去离子甲酰胺Hidi上样液8.8 ml。使用
GeneMapper v3.7软件分析试验数据,标定片段大小和基冈型。
1.7 数据统计及分析
使用Microsatellite Toolkit软件统计各微卫 早.基
因座等位基因组成,计算基因座的等位基因频率,
根据个体基因型计算平均基因纯合率。利用
Cervus3.0软件计算群体PIC和H。
2 结果
2.1 等位基因组成
部分基因扫描结果如图1所示。本研究选用26个微 星标记在全群中共检测到180个等位基因,
各基冈座等位基冈为2~1 3个不等,均具有多态性,平均每个基因库6.92个等 基因。其中SW71
基因库在近交系WZSP均为纯合了。
2.2 基因纯合率
根据个体基因型计算出WZSP近交群26个微卫星基冈座的平均基冈纯合率为56.57%。
2.3 多态信息含量和杂合度
利用Cervus3.0软件统计得到WZSP近交群的平均H分别为O.4478,平均PIC为0.604。
 
 来源:广东省实验动物监测所
联系人:潘老师
电话:020-84106819
手机:13145792310
邮箱:jcpan@sina.com

 

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