质粒(plasmid)是一种能够自主复制的双链闭环附加DNA分子。大部分的质粒虽然都是环状构形，然而目前也发现有少数的质粒属于线性构形，它存在于许多细菌以及酵母菌等生物中。下面简单介绍常用质粒。

1．pBR322质粒  pBR322是一种早期分子生物学研究常用的质粒克隆载体，现在已被其他更好的载体取代；使用pMB1复制起始位点，在大肠埃希菌里以低拷贝形式(15～20拷贝)存在。大小为4363bp，有抗氨苄西林基因(AmpR)和抗四环素基因(TetR)2个抗生素抗性基因。有BamHⅠ、HindⅢ、 SalⅠ、PstⅠ的单一酶切位点。第一个用DNA分子克隆技术构建的转基因动物是基于pBR322载体。

2．pUC18/19质粒  pUCl8/19质粒长2686bp，是常用的载体，许多载体由此载体改建而来。带有突变的pMB1复制起始位点，为高拷贝质粒(500～700拷贝)。有多个单克隆位点。含有一个 AmpR和一个大肠埃希菌乳糖操纵子β-半乳糖苷酶LacZ的调节片段；一个调节LacZ基因表达的阻遏蛋白(repressor)的基因，可进行蓝白菌落筛选。如果pUC19质粒中插入有目的片段，就会破坏LacZ的结构，导致细胞无法产生功能性LacZ蛋白，无法形成杂合的β-半乳糖苷酶，其菌落是白色的；带有自身环化质粒的细菌能够形成具有活性的β-半乳糖苷酶，其菌落是蓝色的。

3．pBIuescript载体  使用松弛型ColE1复制起始位点，可达到300～500拷贝、克隆位点多、可作蓝白斑筛选，是很热门的分子克隆载体。

质粒载体的缺点：质粒只能克隆小片段DNA，难以包含大的调控目的基因组织特异性表达的天然表达控制元件；质粒随机插入基因组，常受到周围基因的影响，出现常规质粒载体随机整合的位置效应，使目的基因的表达水平不一致。下面介绍的BAC和YAC载体可克服这一缺点。由于BAC和YAC能够克隆大的基因组DNA，所有顺式作用因子和完整的结构基因序列都包含在一个载体内，甚至还包括远距离作用的控制位点序列。插入动物细胞基因组的不同位置，依然具有位置独立性、组织特异性、发育时序性和拷贝数依赖性表达的优点，可达到与内源性基因相当的表达水平，可消除和减弱基因整合后的位置效应。