973计划和重大科学研究计划在组织实施中强调联合、协作，凝聚全国优秀研究力量共同解决重大科学问题，并鼓励不同部门、单位和项目之间充分开展学术交流与合作。近年来，已通过组织项目研究网络、召开项目首席科学家交流会和各领域专题研讨会等不同方式来推动。这些做法，得到了973计划专家顾问组、领域专家咨询组、科学计划专家组和广大科学家的高度认同和大力支持，初步营造出了加强学术交流与合作的良好氛围。目前，很多项目已经开始自发联合组织召开学术年会。

2009年10月28-30日，“肿瘤与神经系统疾病的表观遗传机制”、“利用模式动物研究遗传性出生缺陷的发生机理”、“心脏发育与血管发生过程中的信号调控机制研究”、“发育与生殖相关的小分子化合物库及相关技术平台的建立”、“诱导多能干细胞（iPS）的重编程机制”等5个973计划和重大科学研究计划项目在南京联合召开了交流研讨会。各项目首席科学家、专家组成员和项目骨干共100余人参加了会议。

会议主旨是交流干细胞和发育领域的最新研究进展，加强国内各团队之间的协作和资源共享，并探讨该领域下一步的重点研究方向。与会人员汇报了各自项目的最新进展和国际研究现状，围绕iPS形成的表观遗传机制、iPS全能性、iPS细胞定向分化及其调控、器官发育的信号调控机制等生命科学的前沿热点问题，以及小分子化合物库的建设进展和共享机制开展了深入讨论，并达成了许多下一步合作的意向。