要实现动物体内稳定的基因沉默(RNAi)，则需将短发夹RNA(short hairpin RNA，shRNA)克隆转入质粒或病毒载体，再导入动物体内实现。与传统的基因敲除方法相比，RNAi方法制备转基因动物具有适用物种广、简单、高效等优点。因此RNAi可以作为一种简单有效的代替基因敲除的工具。通过制备针对靶基因mRNA不同区段的aiRNA转基因动物，有可能获得对靶基因不同程度的沉默效果，从而可以模拟动物数量遗传性状。

目前，利用这一体系制备的基因敲减动物包括小鼠、大鼠、豚鼠、猪和羊等。2001年，Elbashir等首次报道哺乳动物培养细胞中通过siRNA成功诱导了特异性靶基因表达沉默，RNAi技术成功地从植物研究发展到哺乳动物的相关研究上。次年，Hasuwa等建立了RNAi转基因小鼠。Ramsoondar等利用核移植克隆法与RNAi技术结合，获得了猪内源性逆转录病毒(PERV)的siRNA转基因猪。2007年Dickins等把由四环素诱导启动子(TRE)驱动，靶向肿瘤抑制蛋白(Trp53)shRNA的重组逆病毒载体注入小鼠受精卵原核，制备出RNAi转基因小鼠。再将这些小鼠与rtTA(tet-on)转基因小鼠杂交，筛选出的双转基因小鼠在给四环素药物时，就会启动RNAi;不给四环素时，则停止RNAi，实现了RNAi的时空、可逆调控。

目前仍存在的问题是，RNAi载体导入率不高，很多设计的RNA片段不能产生抑制靶基因转录后沉默的效果且效果不稳定。大量的shRNA还会阻断细胞内源性miRNA路径，进而影响内源性miRNA的水平和活性。尽管如此，该技术有望广泛用于基因功能分析和疾病治疗中，推动生物医学的发展。