目前豚鼠有远交群30个，近交品系15个，豚鼠按毛的长短可分为短毛豚鼠，长毛和刚毛豚鼠3种。一般实验用豚鼠多为短毛豚鼠。

1．英国种  亦称荷兰种，国内各单位多来源于此种封闭群。其特点是毛短而光滑，毛色有白、黑、棕、灰、淡黄及巧克力等单色，也有白与黑等双色或白、棕、黑三色。此品种生长快，抗病力强，繁殖性能好，多用于药物检定、传染病学等研究。

 2．短毛豚鼠  是用于实验研究最广泛的主要品种。我国饲养的豚鼠，早在1919年从日本引入东北，由于不同毛色的杂交，双色及三色豚鼠日益增多，有待进一步建系纯化。    3．阿比西尼亚种  被毛长而硬、多旋涡，长势似蔷薇花朵，布满全身。这个品种由于易患各种自发性疾病，不易繁殖，以及性情暴躁，很少用于实验研究。

4．秘鲁种  被毛密软而长(18cm)，也有呈卷毛形状。由于繁殖力低，亦不宜用于实验研究。

5．近交系2 是美国培育出的近交系。1950年后由美国国立卫生研究院(NIH)分赠世界各地。其毛色为三色(黑、棕、白)。其体重小于近交系13，但脾脏、肾脏和肾上腺大于近交系13。老年豚鼠其胃大弯、直肠、肾脏、腹壁横纹肌、肺脏和主动脉等都有钙质沉着。对结核杆菌抵抗力强，并具有纯合的GPL-A(豚鼠主要组织相容性复合体)、B-1抗原，血清中缺乏诱发的迟发超敏反应因子。对实验诱发自身免疫的甲状腺炎比近交系13敏感。

6．近交系13 其毛色也有三色(黑、白、红)，大部分在头部，其育成历史与2系相同，所有的亚系都是从美国NIH输出的。对结核杆菌抵抗力弱，受孕率比2系差，体形较大。 GPL-A、B-1抗原与2系相同，而主要组织相容性复合体1区与2系不同。对诱发自身免疫甲状腺炎抵抗力比2系强。血清中缺乏诱发迟发超敏反应因子。生存期1年的豚鼠白血病自发率为7％，流产率为21％，死胎率为45％。