1、过氧乙酸水溶液：0、2%的过氧乙酸水溶液用于房间内部、仪器设备表面擦拭消毒；2%的过氧乙酸水溶液用于喷雾或浸泡消毒使用，但需经常检查其含量。

2、含量为2%的戊二醛水溶液，可用于渡槽浸泡液体、房间内部和仪器设备表面擦拭消毒使用。

3、甲醛气体熏蒸：用于房间开始启用时消毒。含量为40%的甲醛水溶液，用量18ml/m3 ，房间相对湿度75%以上，煮沸消毒。也可以加入40%—50%高锰酸钾或60%—80%漂白粉，氧化产生气体消毒。

4、紫外线辐射：用于对不饲养动物区域消毒，使用方法：30W/10~15m2/40~120min。

5、高压蒸汽灭菌：用于可耐高温、高压的物品的消毒，鼠盒、垫料和饮用水可经过此方法消毒（标准：温度121C ~126C ，灭菌30min 、Co60辐照：照射剂量2、5~3Mrad/h）。

6、根据消毒效果，可交叉使用各种消毒剂。但选择消毒剂要求腐蚀性、刺激性小，消毒效果确切。