深部真菌多经呼吸道吸入或经皮肤外伤侵入感染，病灶从局部向系统播散，涉及更复杂的微生物与宿主相互作用，抗深部真菌感染的系统给药的药效、药代、毒理评估更多地依赖整体动物和动物模型。由于真菌种属、感染方式和宿主反应不同，对动物模型的要求也不相同。

【造模机制】通常，感染菌株有念珠菌属、隐球菌属、孢子丝菌属、着色真菌属、曲霉属和青霉属等。菌株的来源及事前的体外试验与浅部真菌感染相同。动物的真菌感染量和给药治疗量亦应事前测定。通常深部真菌全身感染实验主要选用小鼠，通过腹腔或静脉注射能致95％实验动物死亡的感染菌悬液。一般于感染后即刻或6小时后给药，给药途径有口服、静脉注射或皮下注射。可连续观察7天动物的反应，记录动物死亡数。疗效以药物对动物的保护率为指示。

有报告组织胞浆菌感染与宿主细胞介导免疫反应密切相关，因而用裸小鼠腹腔注射该菌，可迅速发展为以网状内皮组织感染为特征的致死性播散模型。除宿主免疫因素与感染关系外，感染动物与药物的相互关系亦需考虑。如，由细胞色素 P450代谢的唑类药物，选用细胞色素P450代谢活性较高的小鼠，则体内不易达到有效的抗真菌浓度，可选用该酶活性与人相近的豚鼠。用注射免疫抑制剂造成豚鼠免疫低下状态后感染深部致病的克柔念珠菌，可建立相应的药效评价模型。隐球菌感染可用静脉接种小鼠肺模型，亦有用豚鼠、大鼠及兔腹腔接种感染。

【模型特点】适用于通常的深部真菌感染研究，进一步可立足于宿主免疫反应、感染与宿主相互关系以及宿主与药物相互关系上改进模型。少数深部真菌系统感染模型还有待进一步研究和完善。

【模型评估和应用】主要用于抗深部真菌药的药效评价及感染免疫研究方面。模型的设计都考虑到与临床深部真菌感染的病理机制或药物作用机制，所以有较好的预测价值。