斑马鱼核纤层蛋白Lamins的生物信息学分析
2016年09月05日
来源:中国实验动物学报 2016年第04期
作者:张衡璐 黄惠敏 叶芝旭 王志华 何志旭 舒莉萍
责任编辑:admin
摘要:本文通过对斑马鱼核纤层蛋白lamins的生物信息学分析,以期了解斑马鱼中lamins基因和人类相关基因的进化关系,为进一步利用斑马鱼研究lmna基因及核纤层蛋白病提供重要的理论依据。
目的 了解斑马鱼核纤层蛋白(lamins)的重要遗传信息。
方法 在UCSC、Vega及Ensemble数据库上收集了不同物种核纤层蛋白家族相关蛋白质序列,利用ClustalX工具进行分析,并用MEGA 4.0软件绘制进化树;通过NCBI网站上BLAST工具将斑马鱼核纤层蛋白的蛋白质序列与不同物种的相对应的蛋白质序列进行对比,最后将人类、小鼠及斑马鱼的lamins基因信息,进行共线性分析。
结果 对核纤层蛋白相关基因进行生物信息学分析后显示斑马鱼的核纤层蛋白与人类的相似程度高,推断lmna、lmnb1和lmnb2基因在进化过程中高度保守。
结论 编码斑马鱼lamins的基因lmna、lmnb1和lmnb2等可能是人类LMNA、LMNB1和LMNB2等基因的直向同源物。
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