屏障系统维持过程中，应定期对饲养环境和动物进行微生物学监测。只有这样，才能及早发现并及时采取措施，将病原微生物消除在萌芽状态。因此，必须定期对饮水、饲料、垫料、室内落下菌及菌群分析和滤材过滤效果，紫外线灯、高压灭菌器的灭菌效果等进行检测，才能充分保证动物质量。

1．高压灭菌器  每次灭菌都要用灭菌指示卡检测消毒效果。每一季度用嗜热芽孢杆菌制成生物指示剂，经高压灭菌器灭菌后进行培养，观察灭菌效果。

2．饲料无菌检测  每批进行检测。方法：消毒时放入灭菌指示卡观察灭菌效果。

3．垫料无菌检测  每批进行检测，方法同饲料无菌检测。

4．紫外线灯照射强度测定  根据使用时间进行测定，若其强度低于70μW／cm²时应及时更换。

5．室内落下菌测定  根据工作情况定期进行落下菌测定并进行菌群分析。

6．环境检测  在运行过程中，由于空气过滤、送排风机组皮带松紧、饲养间内粉尘对排风口滤材的堵塞等，都有可能影响到设施内的环境指标，因此必须定期进行设施内环境指标(包括温湿度、光照、压差、通风次数、风速及氨浓度)等的检测，发现情况及时处理并加以调整。