在实验动物的饲养环境及动物体表、黏膜和消化道中，存在着种类繁多的微生物与寄生虫。这些微生物对实验动物可以是致病性的、条件致病性的和非致病性的，有的还可能是人畜共患病的病原体。影响实验动物质量的因素来自许多方面，其中微生物和寄生虫感染是影响实验动物质量的主要因素之一。能够感染实验动物的微生物和寄生虫种类很多，所造成的危害主要表现在以下几方面。

1．影响实验结果  实验动物的微生物和寄生虫感染可不同程度地干扰实验结果，从而影响研究工作的准确性和可靠性，甚至得出错误的结论。隐性感染常导致动物生理生化指标的改变，使实验得不到应有的结果，或因实验处置，动物抵抗力下降，使隐性感染显性化，导致疾病的发生。此外，隐性感染所造成的组织学改变也影响实验结果的判定。如仙台病毒感染引起肺鳞状化病变，鼠肝炎病毒感染引起血清谷草转氨酶、谷丙转氨酶增高等。

2．影响动物生产  某些烈性传染病如鼠痘、兔出血症、犬细小病毒性肠炎等的流行，可导致动物大批死亡或质量下降，从而给动物的生产和实验的正常进行带来严重影响。

3．威胁人类健康  许多实验动物传染病为人畜共患性疾病，这些传染病可在人与动物之间传播流行，因而也对饲养和研究人员的健康构成威胁。特别是那些在动物呈隐性感染而对人类呈致死性感染的病原微生物(如流行性出血热病毒)，应引起我们高度重视。

4．污染实验材料  如果病原微生物污染了细胞培养物、肿瘤移植物或以动物组织和细胞为生产原料的生物制品，不仅干扰实验，而且还可将病原扩散，以至危害人类的健康。

5．寄生虫对实验动物的影响  实验动物感染寄生虫后不仅虫体对机体造成一定的损害，而且动物机体也对虫体产生反应，使动物机体的生理、生化及免疫学指标发生改变，从而影响实验结果。寄生虫对实验动物的影响主要有以下几方面：

(1)掠夺宿主的营养。

(2)体外寄生虫对动物的骚扰。

(3)对宿主机体产生机械性损伤。

(4)对宿主产生毒性作用。

(5)对宿主生理、生化和免疫系统产生影响。