孔庆鹏研究组发现裸鼹鼠的抗癌特性与长链非编码RNA密切相关
裸鼹鼠(Heterocephalus glaber)是啮齿类动物中名副其实的长寿之星,其寿命可长达30年,而一般小鼠及大鼠的寿命仅有2~3年。此外,裸鼹鼠还具有天然的抗癌特性,因此裸鼹鼠在长寿和肿瘤研究领域受到极其广泛的关注。长链非编码RNA(LncRNA)被定义为长度大于200bp而不具备编码蛋白潜能的转录本,过去认为lncRNA只是基因组中的“junk DNA”,而如今发现lncRNA不仅能精确调控发育和基因表达,更是与诸多老年疾病(如老年痴呆、肿瘤等)的发生息息相关。在过去,由于技术的限制以及lncRNA序列在物种间呈现低保守性等原因,lncRNA的鉴定和分析都存在较多的困难。然而,二代测序技术以及生物信息学的快速发展使得我们可以快速、准确地挖掘不同物种的lncRNA序列,并对其功能进行有效的预测。
昆明动物研究所孔庆鹏课题组以裸鼹鼠为研究对象,建立了一套严格的lncRNA鉴定流程,从裸鼹鼠基因组中成功鉴定出4,422条高质量lncRNA,并发现裸鼹鼠的lncRNA具有表达丰度低、组织特异性强及保守性低等特点;通过共表达分析对裸鼹鼠的lncRNA功能进行预测,发现大约61.93%的裸鼹鼠lncRNA与抑癌基因表达高度相关。进一步分析发现,裸鼹鼠的lncRNA与透明质酸相关基因存在较高的共表达关系,而透明质酸已被证实是裸鼹鼠具备抗癌特性的关键物质。该结果提示,裸鼹鼠的lncRNA可能通过调控透明质酸的生成,使得其拥有天然的抗癌特性。相关研究成果近期发表于表观遗传领域重要期刊《Epigenetics & Chromatin》(http://epigeneticsandchromatin.biomedcentral.com.ep.fjernadgang.kb.dk/articles/10.1186/s13072-016-0101-5),博士研究生江建军为该论文的第一作者,孔庆鹏研究员和何永捍副研究员为论文的并列通讯作者。
该项目得到了科技部973项目、国家自然科学基金及中国科学院等研究基金项目的支持。
通过lncRNA的位置信息来预测裸鼹鼠差异表达lncRNA的功能
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