猪链球菌是一类重要的人畜共患病病原菌，可诱发猪的关节炎、脑膜炎、肺炎；还可引起人、牛、马、羊、禽等多种动物感染，可能造成病人脑膜炎、听力丧失、败血症甚至死亡。1998至1999年江苏省部分地区暴发该病，造成25人感染发病，其中14人死亡；2005年6月四川大规模暴发该病，报告病例215例，死亡38人。两次暴发不仅造成养猪业的重大损失，而且给人类健康构成巨大威胁。研究表明，中毒性休克综合症是这两次猪链球菌暴发引起人群高死亡率（22.1%）的原因。然而，引起猪链球菌新临床症状——中毒性休克综合症的原因尚不清楚。

为了揭示猪链球菌的致病机理及其进化，中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室朱宝利课题组与高福课题组以及南京军区疾病预防控制中心微生物流行病学研究所唐佳琪课题组进行合作，展开了深入研究。研究团队利用比较基因组学技术，对引起中毒休克综合症的高毒猪链球菌进行了比较基因组学方法的研究。通过比较不同毒力、不同来源的猪链球菌菌株基因组，研究人员发现猪链球菌的基因组高度可变，而且引起两次暴发的菌株均获得了大量外源基因。在其基因组上获得的一段长约89kb的序列具有毒力岛（Pathogenicity  island）的显著特征，毒力岛内的ABC型转运系统和SalK/R双信号转导系统为引起中毒休克综合症菌株的特异基因。前期研究表明，猪链球菌缺乏引起中毒性休克综合症的所需的超抗原和M蛋白的类似物，据此推测，由ABC型转运系统排出的某类物质可能正是引起中毒休克综合症的元凶。此外，通过比较基因组分析，研究人员发现基因获得和基因重排是猪链球菌微进化的主要动因，研究团队据此提出猪链球微进化模型。同时，在该研究中还发现了多个猪链球菌致病的候选基因，这些候选基因为寻找猪链球菌进化后的毒力基因簇提供了参考。

该研究成果对促进猪链球菌病的预防、监测和控制具有重要指导意义。

该项研究获得973计划和国家自然科学基金等项目资助，相关论文发表在BMC  Genomics上  (2011  May  10;  12:219)。