MicroRNAs  (miRNAs)作为转录后基因表达的一个重要的调控因子，参与了包括发育、代谢、疾病的发生等各种重要的生理过程。家蚕基因组的测序完成为在全基因组水平鉴定家蚕miRNAs以及与其他昆虫进行比较基因组学研究提供了契机。

    在中国科学院北京基因组研究所于军研究员的指导下，俞晓敏、周青、蔡亦梅所在小组建立了一套基于Srnaloop及已知动物pre—miRNAs结构特征的miRNA的预测体系；同时，利用miRNAs克隆鉴定平台，对家蚕14个发育时期的miRNAs进行克隆鉴定。利用计算预测结合克隆测序的方法，一共鉴定了118个保守的家蚕miRNAs和151个新的miRNAs。对118个保守的miRNAs分析后发现，有6对进化上保守的miRNAs簇；同时发现，Dicer的不精确和选择性剪切可能赋予miRNAs新的功能。对克隆到的miRNAs在14个家蚕发育时期分布进行分析，发现家蚕四龄蜕皮期miRNA的表达种类和数量上均多于其他发育时期，进一步利用Stem—loop  RT  PCR分析表明，部分保守的miRNAs在该时期表达量变化比较剧烈，提示miRNAs在家蚕蜕皮期可能起着至关重要的调控作用。在对15个保守的家蚕miRNAs进行表达量分析后，发现其中的8个miRNAs表达量在不同的发育时期变化明显，结合靶基因预测的结果以及家蚕发育阶段的特点，筛选并分析了部分miRNAs的靶基因及其在家蚕发育过程中可能的作用机制，为系统的发掘和阐明miRNAs在家蚕发育过程中的调控机制研究提供理论依据。

    目前，该小组正在结合家蚕新公布的精细基因组数据，对家蚕miRNAs进行深度挖掘；同时，基于前期的研究结果，开展miRNAs在家蚕蜕皮期调控机制的研究。该课题将作为我所正在进行的转录组学研究的一个重要组成部分，并为转录组学后续的功能学研究建立良好的技术平台。

    相关论文在近期《公共科学图书馆·综合》（PLoS  ONE）杂志发表  (2008—8—20)。Yu  X，Zhou  Q，Li  S—C，Luo  Q，Cai  Y，et  al.  (2008)  The  Silkworm  (Bombyx  mori)  microRNAs  and  Their  Expressions  in  Multiple  Developmental  Stages.  PLoS  ONE  3(8):  e2997.