在哺乳类实验动物中，由于小鼠体小，饲养管理方便，易于控制，生产繁殖快，研究最深，有明确的质量控制标准，已拥有大量的近交系、突变系和封闭群，近年来遗产工程小鼠的培育迅速增加，因此在各种实验研究中，用量最大，用途最多。

1安全性和毒性试验 常选用小鼠进行食品、化妆品、药物化工产品等的安全新实验，急性、亚急性、慢性、毒性试验，还可做致畸、致癌致突变试验，半数致死量测定等。

2 生物效应测定和药物效价比较 广泛用于血清、疫苗等生物制品的鉴定，进行生物效应实验和各种药物效价测定。

3 药物的筛选 筛选试验多半从小鼠做起，筛选各种药物对疾病有无防止作用，通过筛选获得每个药物的疗效效果后，再用其他动物进一步肯定。

4微生物寄生虫病学研究 小鼠对多种病原体有敏感性，尤其是在病毒学研究中应用更大。适合于研究血吸虫、疟疾、锥虫、流行感冒脑炎、狂犬病、脊髓灰质炎、淋巴脉络从脑膜炎、支原体、巴氏杆菌和沙门氏菌等。

5 放射学研究 小鼠对放射线的反应与人的反应有可比性，可用来研究照射剂量、辐射效应等。

6 肿瘤白血病研究 小鼠肿瘤发病率高，近交系组织相容性好，肿瘤移植较易生长，因此应用广泛。可用小鼠自发性肿瘤筛选抗肿瘤药物。可诱发各种肿瘤，做成肿瘤模型，进行肿瘤病因学发病学研究。近交系小鼠有些属于高癌系，有些属于低癌系，对研究肿瘤发生，比较方便而有利。

7 计划生育研究 小鼠有规律的发情周期、排卵，妊陈有明显指标，易于检测，价格便宜，常用来做抗生育、抗着床、抗早孕、抗排卵实验，很适宜进行避孕药研究。

8 镇咳药研究 小鼠又咳嗽反应，可利用这一特点研究镇咳药物，成为必选实验动物。

9 遗传性疾病研究 小鼠有多种品系，有些有自发性遗传病，如小鼠黑色素病白化病、家族性肥胖、遗传性贫血等。与人发病相似，可被用作人类遗传性疾病的动物模型。

10 免疫学研究 各种免疫缺陷小鼠，如纯系新西兰黑色小鼠（NZB）有自身免疫性溶血性贫血，AKR/N品系小鼠又补体C5缺损，CBA/N小鼠无B细胞的免疫缺陷等，都是研究免疫机理和免疫缺陷病的良好实验动物。

11 老年学研究 小鼠寿命短，传代时间短，使他们在老年学研究中极为有用。很多抗衰老药物的研究可在小鼠上进行。