miRNA调控大型哺乳动物牙齿发育
王松灵教授团队首先使用二代深度测序技术大规模筛查小型猪(Sus scrofa)在下乳牙发育过程中的miRNA表达谱,鉴别出637条miRNA序列。深度测序获取的结果,可以广泛地覆盖不同发育时期和不同来源样品中的全部miRNA,而不需要任何已知的序列信息。然而,由于样品处理相对的高成本与低通量特性,如果用测序进行重复性的验证和(或是)表达谱分析将会发现花费很长时间,而且价格昂贵。
代替重复测序,使用芯片可以进行高通量的表达谱分析。芯片上可以涵盖完整的测序发现的序列信息,系统的分析表达谱,并进行差异表达分析。芯片具有快速、可重复,并且性价比高的特点。
研究人员将测序发现的候选miRNA,和105条已知的Sus scrofamiRNA定制合成在miRNA芯片上用于分析牙齿发育的四个时期:牙芽期,帽形期,钟形早期,钟形晚期的miRNA表达谱。芯片分析结果显示在四个发育时期有166个miRNA存在差异表达。生物信息学分析鉴别出18个关键miRNA,包括 let-7f,miR-128, miR-200b, 和miR-200c,在牙齿发育过程中也许扮演着关键角色。
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