在医学和兽医学研究领域，疫苗接种或药物治疗是预防传染病的有效手段。但在实验动物（除大型或稀有实验动物外）不应采取疫苗接种或药物治疗，因为，第一，应用疫苗或治疗制剂可能干扰实验结果，而使实验无效。第二，经过治疗或免疫的动物，外表健康，但仍带菌或带毒，成为潜在的传染源。如沙门氏菌即使采取药物治疗，也不能使其从动物群中彻底根除。又如小鼠肝炎病毒，虽用疫苗免疫可以产生免疫力，但有些小鼠仍可带毒，使其在小鼠群中长期存在；第三，对小型实验动物，采取治疗措施，尤其是需用特殊药物的个体治疗，经济上也不合算。
    因此，在实验动物饲养和动物试验过程中，只能采取严格的饲养管理和卫生防疫制度达到预防疾病的目的。
    1、平时的预防措施
    （1）饲养人员应严格按照不同等级实验动物的饲养管理和卫生防疫制度和操作规程，认真做好各项记录，发现情况，及时报告。
    （2）实验动物设施周围应无传染源，不得饲养非实验用家畜家禽，防止昆虫及野生动物侵入。
    （3）坚持平时卫生消毒制度，降低环境设施中的病原体含量。
    （4）不从疫区引进实验动物。
    （5）各类动物应分室饲养，以防交叉感染。饲养室严禁非饲养人员出入和各类人员互串，购买或领用动物者不得进入饲养室内。
    （6）饲料和垫料库房应保持干燥、通风、无虫、无鼠，饲料应达到相应的国家标准。
    （7）饲养人员和兽医技术人员应每年进行健康检查，患有传染性疾病的人员不应从事实验动物工作。
    2、发生疫病时的扑灭措施
    （1）及时发现、 诊断和上报疫情，并通知邻近单位做好预防工作。
    （2）迅速隔离患病动物，污染的环境和器具紧急消毒。实验用动物应停止实验观察或淘汰。
    （3）若发生危害性大的疫病，如鼠痘、流行性出血热等应采取封锁等综合性措施。动物痊愈或消毒处理后一个月方可解除封锁。
    （4）病死和淘汰动物应采取焚烧等措施合理处理。
    （5）应及时报上级管理部门和防疫部门。
     3、消毒措施
    根据消毒的目的，可分以下三种情况：
    （1）、预防性消毒：结合平时的饲养管理定期对实验动物房、笼架具、饮水等进行定期消毒，以达到预防一般传染病的目的。
    （2）、 随时消毒： 在发生传染病时，为了及时消灭刚从患病动物体内排出的病原体而采取的消毒措施。消毒的对象包括患病动物所在的房舍、隔离场所以及被患病动物分泌物、排泄物污染和可能污染的一切场所、笼具等。通常在解除封锁前，进行定期的多次消毒，患病动物隔离舍应每天和随时进行消毒。
    （3）、终末消毒：在患病动物解除隔离、痊愈或死亡后，或者在疫区解除封锁之前，为了消灭疫区内可能残留的病原体所进行的全面彻底的大消毒。

    4、消毒的方法

    常用的有以下几种：

    （1）物理消毒法

    ①高压蒸汽：常用于饲料、垫料和器具消毒；
    ②高热煮沸：常用于器械、笼具、水瓶等消毒，但不能用于饲料消毒；
    ③干烤消毒：可达180℃，30min可达消毒目的。 有的烤箱可抽真空、或产生红外线，温度可达到280℃，15min即可达消毒目的；
    ④火焰消毒：  温度可达300℃，  主要用于不锈钢笼具和金属器械的消毒；
⑤照射：X射线、γ射线等。主要用于空气、饲料、垫料和器具的消毒；
⑥过滤消毒：主要用于空气净化和消毒。

    （2）化学消毒
    是使用化学药物喷洒、浸泡、熏蒸等，以达到消毒灭菌的目的。常用化学消毒方法包括液体消毒和蒸汽消毒。

    ①液体消毒剂：包括石炭酸、过氧乙酸、来苏水、次氯酸等。
    ②熏蒸消毒：包括福尔马林和三聚甲醛等。

    5、隔离措施

    隔离患病动物和可疑感染的动物是防制传染病的重要措施之一。隔离是为了控制传染源，防止健康动物继续受到传染，以便将疫情控制在最小范围内就地予以扑灭。隔离时应选择不易散播病原体、消毒处理方便的地方或房舍进行。如患病动物数目较多，可集中隔离在原来的动物房内。隔离场所禁止闲杂人员和动物出入和接近。工作人员出入应遵守消毒制度。隔离区内的用具、饲料、粪便等，未经彻底消毒处理，不得运出。对于发生烈性人兽共患病（如流行性出血热等）的动物群，应及时采取有效措施，全群扑杀，严格消毒，防止疫情进一步扩散。