揭示肿瘤发生过程中的细胞来源将为开发与改善治疗策略提供非常重要的理论基础。应用GEM模型已经成功阐明了某些不同肿瘤类型的细胞起源。在小细胞肺癌（SCLC）研究中，通过气管内注射细胞特异性的Adeno-Cre病毒载体，使Trp53和Rb1两基因分别在Clara细胞, 神经内分泌的（NE）细胞，以及II型肺泡（SPC）细胞在被特异性敲除，分析肿瘤发生不同时间和肿瘤表型等。结果表明，相对于SPC细胞，NE细胞是造成SCLC形成的细胞来源。另外，细胞来源的研究也能提供与以前研究结果不一样的意外结果。比如，过去以BRCA1为基础的乳腺癌研究认为，该类癌症的来源细胞是基底上皮干细胞。而应用GEM模型对BRCA1引起的基底样乳腺癌研究中发现，其实管腔祖细胞才是基底样肿瘤的真正来源。

最近来自两个不同实验的研究结果表明，遗传变异（如Pik3ca突变）可显著地影响干细胞库组成。Pik3ca点突变（如H047R）引起具有谱系特征的乳腺上皮细胞分化为多能干细胞样状态能力损失。而且，Pik3ca乳腺肿瘤的细胞来源主导了其恶性程度，表明了在改善抗癌症药物及治疗效果的特异性方面，准确找到肿瘤细胞来源具有非常重要的实际意义。