目的:骨关节炎(osteoarthritis,OA)是最常见的退行性慢性关节疾病,然而其具体的基因机制至今 尚不完全清楚,通过基因芯片检测OA细胞模型的基因表达谱变化,为深入研究OA发病机制提供更多生物学依 据｡

方法:胰酶结合胶原酶分离获得小鼠原代软骨细胞,以50ng/mL的肿瘤坏死因子α(TNF-α)孵育原代软骨细 胞24h制备OA细胞模型｡ 收获细胞提取总RNA用于基因芯片检测,以表达差异倍数(fold change,FC)>2且 P< 0.01为条件筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),利用生物信息学软件对差异表达结果进行基 因功能分类体系(gene ontology,GO)､KEGG通路注释分析｡

结果:原代软骨细胞经TNF-α处理后,共筛选获得 8096个表达上调DEG和6413个表达下调DEG,其中有诸如基质金属蛋白酶､炎性因子､基因凋亡及成骨相关基因 等已知的OA相关的差异表达基因｡ 此外,还有Olfml1等olfactomedin超家族成员､Nf1等未见报道的与OA相关的 基因,尤其发现大量细胞色素超家族成员基因的异常表达,提示线粒体相关功能基因及信号途径可能与OA进程有 重要关联｡

结论:项目从转录组水平整体分析了TNF-α诱导的OA软骨细胞模型基因表达谱变化,为进一步深入 探究OA发病机制提供了新思路｡

全文阅读：基于基因芯片的TNF-α诱导骨关节炎细胞模型生物信息学分析