在PCR扩增和DNA测序技术建立后，不同小鼠A位点基因的神秘面纱逐渐被揭开。我们知道一个基因在组成上可以分为调控区（如启动子区）和编码区，调控区负责基因何时何地（不同组织或细胞）表达，编码区负责编码蛋白质。编码ASP信号蛋白的基因也不例外，也是由调控区和编码区构成。ASP基因的上游调控区中包含一个受毛囊周期调控的启动子，在毛囊发生周期的特定时段通过与RNA聚合酶结合，以ASP编码区为模板合成mRNA。通过PCR产物测序发现在野生型ASP基因启动子区上游与Raly基因相邻，而A^y突变则在这两个相邻基因间缺失了170 kb长的DNA片段，该片段包含了Raly基因编码区和ASP基因整个调控区。这种缺失导致ASP丧失了原有的毛囊周期启动子，转而由Raly基因的启动子（全时活性）控制其表达，这就是携带A^y突变小鼠被毛为单一黄或红色的分子成因。利特尔早在1910年就已经发现A^y纯合(A^y/A^y)小鼠胚胎会在着床前死亡的现象，但却并不知致死的原因。Raly表达产物为RNA结合蛋白，主要功能是参与pre-mRNA的加工，是胚胎正常发育所必须的一个基因，缺失后会导致早期胚胎发育停滞，这样A^y纯合致死的原因也找到了。