1）实验条件优不佳：质粒不同，所转染的细胞不同及定量的准确性等因素会导致在一些情况下所做的转染不在该优化条件内。这种情况下需要对质粒转染试剂的配比进行优化。另外，可选用更合适的转染试剂，如Entranster试剂。
2）抑制剂：不要在用于制备DNA-转染试剂复合物的培养基中使用抗生素，EDTA，柠檬酸盐，磷酸盐，RPMI，硫酸软骨素，透明质酸，硫酸葡聚糖或其他硫酸蛋白多糖。
3） 细胞状态及融合度：长势旺盛的细胞转染效果更佳，细胞密度应该在转染时融合度至少70%以上。
4）DNA纯度及数量：确保质粒OD值A260/A280 在1.8~2.0之间。DNA量不能太高，单独DNA也会对细胞生长有一个基础的影响。
