目前应用于真菌病研究的阿米巴原虫包括盘基网柄菌和卡氏棘阿米巴，两种原虫对不同病原体的吞噬功能成为研究的主要内容。盘基网柄菌是一种单倍体，有遗传学可延展性，在实验条件下细胞可以以二分裂的形式生长和繁殖，因此是一种研究病原体与宿主间相互作用的理想模型。利用其已经建立的病原菌模型包括铜绿假单胞菌、新生隐球菌、鸟分枝杆菌、海分枝杆菌、嗜肺性军团杆菌等。发展这些模型的主要目的是在分子水平系统地分析与宿主感染有关的细胞因子。野生型盘基网柄菌已经被用来筛选和鉴定大量的细菌和真菌毒力因子，而突变型则被用来鉴定宿主对感染敏感或抵抗的遗传易感性和标记基因。Steenbergen等研究显示新生隐球菌易感于盘基网柄菌，它们之间的相互作用类似于新生隐球菌与巨噬细胞间的相互作用。无荚膜的隐球菌与盘基网柄菌共培养时无法繁殖，但可致肌球蛋白Ⅶ基因突变的盘基网柄菌感染。以此推断，即使在单细胞水平，无毒力的有机体也可以使受损的宿主致病。该研究还显示，盘基网柄菌对隐球菌的吞噬作用可以被隐球菌荚膜特异性抗体及不同的糖类抑制。此外，用盘基网柄菌传代荚膜新生隐球菌可以使菌株毒力增强，并且使黑化速度加快，产生大的孢子。这些结果证实了盘基网柄菌可以作为一种有用的宿主模型来系统研究新型隐球菌与吞噬细胞间的相互作用。有作者将皮炎芽生菌、申克孢子丝菌以及组织胞浆菌三种不能在哺乳动物模型中生存的双向真菌分别注入卡氏棘阿米巴原虫体内，结果均导致了原虫的死亡和真菌的生长。每一种真菌的菌丝细胞均发生了生长，而且荚膜组织胞浆菌分生孢子对虫体也有细胞毒作用。这些结果说明卡氏棘阿米巴原虫有助于研究致病性双相真菌毒力的产生及维持机制。另有作者发现被吞噬隐球菌可以在虫体内繁殖而导致阿米巴的死亡，而无荚膜的隐球菌与阿米巴共培养时则无法生存，但其自身的黑素化反应则可以增强菌体对阿米巴的抵抗力。