转染效率低的原因可从以下几方面找：
1.质粒DNA或混和液中含有血清。 对策：用无血清培养基或Opti-MEM培养基。
2.质粒DNA和转染试剂的比率不是最优 对策：对大多数细胞而言，质粒DNA和转染试剂的比例为1:2-1:3，一般要做优化实验，比例从1:0.5-1:5 逐一检测。
3.质粒DNA 已部分降解或质量不够好 对策：用好的质粒纯化试剂确保质粒DNA质量，正确保存，确保质粒DNA不被降解。
4.转染试剂选择不当。建议选用效率高，毒性低的转染试剂，比如engreen的Entranster试剂。
5.细胞密度不是最优，优化细胞密度。
6.混和加入细胞中不含血清。在转染过程中使用含有血清的培养基，细胞状态良好有利于转染效率的提高。
7 .转染体系中含有抑制物 转染体系中不应包含EDTA、柠檬酸、磷酸盐、RPMI、硫酸软骨素、透明质酸酶、硫酸葡萄糖聚酶及硫酸化蛋白聚糖
8.检验转染效率及表达的方法有问题 使用报告基因来检测转染效率，报告基因使你确定目标基因的表达
9.启动子及增强子不被包装细胞识别。确认你构建质粒上的启动子增强子与靶细胞相容。
10.转染试剂保存不正确，转染试剂保存在4℃。
