背景：2019年12月下旬，中国武汉报告了由不明微生物引起的病毒性肺炎患者。一种新型冠状病毒随后被鉴定为致病病原体，临时命名为为2019新型冠状病毒（2019 nCoV）。截至2020年1月26日，已经确认了2000多例2019-nCoV感染病例，其中大部分涉及居住在武汉或来武汉旅游的人群，并且已经确认了人与人之间的传播。

 

方法：我们对9名住院病人的支气管肺泡灌洗液样本和培养分离物进行了下一代测序，其中8名曾去过武汉的华南海鲜市场。从这些个体获得了完整的和部分的2019-nCoV基因组序列。从这些个体获得了完整的和部分的2019-nCoV基因组序列。 使用Sanger测序连接病毒重叠群以获得全长基因组，其末端区域通过快速扩增cDNA末端来确定。对这些2019-nCoV基因组和其他冠状病毒基因组进行了系统进化分析，以确定该病毒的进化史并有助于推断其可能的起源。 进行同源性建模以探索病毒的可能的受体结合特性。

 

发现： 9例患者的10条2019-nCoV基因组序列极其相似，序列同源性达99.98%以上。值得注意的是，2019-nCoV与2018年在中国东部舟山采集的两种蝙蝠源性严重急性呼吸综合征（SARS）样冠状病毒bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21密切相关（同一性为88％） ，但同SARS-CoV（约79％）和MERS-CoV（约50％）相关度低。系统发育分析表明，2019-nCoV属于Betacoronavirus属的Sarbecovirus亚型，同其最近亲缘种bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21均分支长度相对较长，在遗传上与SARS-CoV不同。值得注意的是，同源性建模显示，2019-nCoV具有与SARS-CoV类似的受体结合结构域结构，尽管某些关键残基处存在氨基酸差异。

 

解释：2019-nCoV与SARS-CoV的差异很大，可以被认为是一种新型的人类感染性β冠状病毒。尽管我们的系统发育分析表明，蝙蝠可能是该病毒的原始宿主，但武汉海鲜市场上出售的动物可能是促进该病毒在人体内出现的中间宿主。重要的是，结构分析表明2019-nCoV可能能够与人类的血管紧张素转化酶2受体结合。 该病毒的未来进化，适应和传播需要紧急调查。