中国武汉市最近报道了一种新型冠状病毒（2019- nCoV），与人传人和严重人感染有关。我们的目标是确定2019-nCoV的遗传关系，并在sarbecovirus亚属内寻找可能的重组。通过RDP4和SIMPLATE V3.5.1对假定重组进行了研究，通过最大似然法和贝叶斯方法进行系统发育分析，证实了个体基因组片段中不一致的系统发育聚类。

 

结果：我们的分析表明，2019-nCoV虽然与整个基因组中的BatCoV RaTG13序列密切相关（序列相似性为96.3％），但显示出与Bat-_SARS样冠状病毒序列不一致的聚类。具体而言，在跨越前11,498个核苷酸的5'部分和跨越24,341–30,696位的最后3'部分中，2019-nCoV和RaTG13形成了一个具有Bat_SARS样冠状病毒序列的单个簇，而在跨越ORF1a，ORF1b和3％尖峰区域的中间区域中，2019-nCoV和RaTG13组成了sarbecovirus分支内的一个单独的远缘谱系。

 

结论：2019-nCoV和RaTG13之间的基因相似性水平表明，后者并未提供导致人类爆发的确切变异，但2019-nCoV起源于蝙蝠的假设非常可能。我们证明了新的冠状病毒（2019 -nCov）不是嵌合体，几乎一半的基因组都是由betacoronavirus的一个不同的谱系组成。这些基因组特征及其与人类病毒特性和毒力的潜在联系需要进一步关注。

 

关键词：新型冠状病毒 基因组序列分析 系统发育分析 重组 起源 分子流行病学