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首个SARS-CoV-2直接天然RNA测序预印文章揭示病毒亚基因组mRNA
来自澳大利亚墨尔本Peter Doherty感染和免疫研究所的一组科学家在线发表了首个针对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的直接RNA测序研究,使用纳米孔技术对天然RNA分子进行测序,为该新兴病原体的亚基因组mRNA和碱基修饰提供更多见解。该文章于3月8日发表在生物预印网站bioRxiv。
doi:https://doi.org/10.1101/2020.03.05.976167
作者在文章中描述到,冠状病毒的复制过程中会通过一种在合成负链RNA 时独特的“不连续转录”(discontinuous transcription)机制产生不同长度的亚基因组mRNA转录本。不连续的拷贝-选择RNA重组机制可调节冠状病毒基因的表达。而传统的标准RNA病毒测序技术由于生成的读长短,且依赖扩增产生互补DNA(cDNA)序列,无法产生能够代表RNA病毒基因组或亚基因组长度的mRNA序列。
为了定义冠状病毒亚基因组长度mRNA的体系结构,作者使用纳米孔直接RNA测序的方法,从SARS-CoV-2培养样本中制备核酸,并使用R9.4版测序芯片在台式测序仪GridION上进行了测序。
直接RNA序列数据中捕获的SARS-CoV-2特点包括亚基因组mRNA以及RNA碱基修饰。在SARS-CoV-2病毒中, 作者观察到了8个主要的病毒亚基因组mRNA(如下图所示)。直接RNA测序数据还可用于识别一系列病毒中存在的碱基修饰,这些修饰可能在SARS-CoV-2具有功能性的作用,影响宿主-病原体相互作用和病毒复制。作者表示,他们SARS-CoV-2直接RNA测序数据提供的覆盖度足以进行特定的修饰识别。通过对信号空间数据的分析,研究人员确定了42个位置具有预测的5-甲基胞嘧啶修饰,这些修饰出现的位置与亚基因组长度mRNA的位置一致。
图片来源于原文
doi: https://doi.org/10.1101/2020.03.05.976167
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