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病原学&相关数据分析

Naure发文提供5幅强有力的图片来揭示冠状病毒SARS-CoV-2大流行

2020年03月24日 浏览量: 评论(0) 来源:生物谷 作者: 责任编辑:admin
摘要:2020年3月24日讯/生物谷BIOON/---从发表的论文到碳排放再到确诊病例,这些数据揭示了史无前例的病毒疫情爆发及其在全球的影响。

2020年3月24日讯/生物谷BIOON/---从发表的论文到碳排放再到确诊病例,这些数据揭示了史无前例的病毒疫情爆发及其在全球的影响。


1.冠状病毒如何在世界范围内传播?


从2019年底开始,新型冠状病毒SARS-CoV-2(之前称为2019-nCoV)在中国湖北省武汉市(人口1100万)肆虐。2020年1月下旬和2月上旬,也就是中国疫情最严重的时候,这种病毒引起的COVID-19病例每天都增加了数千人。

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图片来自WHO。


从那以后,每天在中国出现的感染数量急剧下降,这在很大程度上归功于所采取的遏制措施,不过如今,COVID-1疫情已成为全球性的大流行病。韩国、伊朗、意大利和其他地方的大规模疫情推动了150多个国家和地区的病例数量激增。


中国境外已确诊的病例总数如今已超过中国境内的确诊病例。3月13日,世界卫生组织(WHO)总干事Tedros Adhanom Ghebreyesus说,欧洲已成为大流行的中心。


2.COVID-19与其他疾病相比如何?


目前对COVID-19病死率---一种衡量最终死亡的感染者所占比例的指标---的估计提示着SARS-CoV-2的致命性不及导致其他大规模疫情的病原体,比如,严重急性呼吸道综合征(SARS)冠状病毒(SARS-CoV)、中东呼吸综合征(MERS)冠状病毒(MERS-CoV)和埃博拉病毒。

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图片来自Nature, 2020, doi:10.1038/d41586-020-00758-2。


但是这种感染似乎比季节性流感等其他疾病更容易传播。对这种病毒的基本再生数(R0)---平均一个感染者会将这种病毒传播给多少人---的计算结果表明R0为2至2.5。


像病死率一样,R0是一个估计值,在不同的地区、不同的年龄组和不同的时间内可能有很大的差异,而且很可能被修订。它是使用考虑了感染者保持传染性的时间、他们感染接触者的可能性以及他们与其他人接触的频率的模型计算出来的。


3.研究人员以多快的速度发布新型冠状病毒研究?


疫情爆发促使对SARS-CoV-2及其引起的COVID-19疾病的研究激增。为了估算研究活动的规模,Nature期刊在bioRxiv、medRxiv、ChemRxiv和ChinaXiv服务器上使用“novel coronavirus”、“ncov”、“COVID-19”和“SARS-CoV-2”术语进行了研究检索,编辑了WHO列出的出版物并进行了Google学术搜索。截至3月12日,已有约900篇与冠状病毒有关的论文、预印本和初步报告。

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图片来自Nature, 2020, doi:10.1038/d41586-020-00758-2。


这些研究涵盖了一系列主题,包括这种病毒的结构;它如何在不同的社区中传播;这种疾病的临床特征;潜在的药物靶标;检疫措施的有效性如何;以及疫情爆发对卫生工作者的心理影响。在此之后,在疫情爆发初期分享的预印本论文中,至少有20篇已经在同行评审的期刊上发表。


研究人员还使用GISAID和GenBank等在线平台共享了这种病毒的基因组数据,并且正在开展针对潜在疫苗或药物的多项临床试验。Nature期刊的分析不包括这些报告或数据。它也不包括用英语以外的其他语言发表的研究,比如中文期刊。因此,迄今为止,它可能低估了这种冠状病毒的总体研究数量。


4.出行限制如何影响碳排放和空气质量?


中国控制疫情的努力似乎已抑制了能源消耗和空气污染。美国宇航局和欧洲航天局收集的卫星数据显示,中国全国范围内化石燃料燃烧过程中产生的大气中二氧化氮(NO2)含量急剧下降。

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图片来自NASA Earth Observatory。


每年,企业和工厂为了庆祝农历新年(从今年1月25日开始)关闭工业活动。这通常会导致NO2含量短暂下降。美国宇航局戈达德太空飞行中心大气科学家Fei Liu说,“通常情况下,污染水平会在7~10天后回升,但今年并没有发生。”初步分析表明农历新年后的NO2污染比往年同期减少了10%~30%。根据欧洲航天局Sentinel-5P卫星的数据,在意大利北部也发现了类似的二氧化氮污染下降趋势,那里的城市仍然处于封锁状态。


赫尔辛基能源与清洁空气研究中心的一项分析显示,为遏制冠状病毒SARS-CoV-2所做的持续努力使得中国的工业活动减少了15%~40%。2月份煤炭消费量创四年新低,炼油业下降了三分之一以上。总体而言,该中心的分析表明,由于不断努力遏制这种冠状病毒,中国的碳排放量下降了25%以上。


5.与2003年SARS疫情相比,当前的大流行情况如何?


从一开始,冠状病毒SARS-CoV-2就与2002-2003年SARS疫情进行了比较。这两种病毒都被确定为新的冠状病毒,比少数几种引起普通感冒的相关冠状病毒更为致命。人们发现SARS-CoV-2从果子狸跳跃到人类,而果子狸从蝙蝠那里感染了这种病毒。SARS-CoV-2也被认为来自蝙蝠,或由蝙蝠直接传播或者通过一种尚未被识别的哺乳动物传播给人类。这两种病毒都造成混乱和经济灾难。但是,这两次疫情爆发的进展截然不同,特别是在传播速度和程度方面。

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图片来自Nature, 2020, doi:10.1038/d41586-020-00758-2。

SARS疫情持续了三个月后才被确认为是一种独特的疾病。然后,在将近两个月的时间里,人们寻找到导致这种疾病的病原体:SARS-CoV本身的鉴定和基因组测序主要来自中国以外的研究人员。 


相比之下,在第一个已知病例出现的三周后,中国通报世界卫生组织,一种类似肺炎的病例在激增。此后两周,中国研究人员分离出新型冠状病毒SARS-CoV-2,进行了基因测序,并开发出诊断测试方法,从而为中国提供了必要的手段来开展世界上有史以来最大规模的传染病控制措施之一。


SARS-CoV-2虽然不如SARS-CoV那样致命,但是它的传播范围更广。从发现首例感染病例起,不到两个月的时间里确诊病例的数量超过了SARS疫情几个月的时间里达到的病例总数。在三个月内,SARS-CoV-2(COVID-19)造成的死亡人数是SARS-CoV(SARS)的五倍多。(生物谷 Bioon.com)


参考资料:


Ewen Callaway et al.The coronavirus pandemic in five powerful charts

Nature, 2020, doi:10.1038/d41586-020-00758-2.

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