感染性动物模型毕竟是利用动物，通过人工方式感染，进行模拟研究，尤其是人源性病原体感染动物，往往不会得到和人非常类似的疾病过程，这也是感染性动物模型的局限性，只有认识到这种局限性，才能更好地理解动物模型，正确使用动物模型。另一方面，也使我们思考，病原为什么在不同动物中，表现出致病性的相同或不同，这也是病原性疾病致病机制研究的重点。概括起来，感染性动物模型的局限性包括以下几个方面。

一、动物的局限

动物的种类和等级的限制等因素影响动物模型。不同动物遗传和生物学特性不同，对病原的感染性会有不同表现，不同种属、品种、品系的动物也会不同，个体差异也会影响模型的一致性。如禽流感病毒H5N1可感染小鼠、大鼠、猕猴、食蟹猴、雪貂等不同动物，但其致病性在不同动物中有所差异，国外一般推荐使用雪貂作为模型，认为其疾病过程和患者类似。但在我国雪貂尚未实验动物化，来源也较困难。动物的微生物和寄生虫携带情况，即微生物学等级，也影响模型制备，一般推荐无特殊病原体(SPF)动物用于模型制备，影响因素较小。另外，动物也可能被感染后不会全部发病，一般利用整组动物感染情况(百分数)作为模型基数而使用。

二、病原的局限

病原的活化程度、来源、培养、量化、标准病原株、地方株等生物学特性的差异等因素，会影响模型的制备。有些病原不能被培养，同时其他微生物污染干扰等也影响模型制备。病原在动物体内，受到免疫等阻力，也会相应通过变异等方式改变自身生物学特性。

三、实验万法的局限

方法学不同或实验室不具备的方法条件会影响模型的指标确定。很多病原存在不同途径感染问题，计划选择的感染途径可能不是理想途径。有些病原需要定量检测、病理活检等，如果实验室条件达不到要求将会影响模型的完整性。生物安全要求的实验室条件，和普通实验室条件下的动物模型也会出现不同，如艾滋病灵长类模型动物(SIV/SAIDS)在生物安全三级实验室不会出现像普通环境下的后期严重复合感染情况。

四、动物和人体的局限

动物毕竟和人体不同，可能使得病原在不同机体表现不同。因此，理论上讲，和人类遗传、进化越接近的动物，可能更能表现出疾病的类似性，也即机体的反应性。但这不是绝对的，病原和不同动物长期相伴，形成了复杂的相互关系，具备了较稳固的抵抗模式，给模型的制备和疾病分析带来极大困难。

五、应用的局限性

动物的质量和数量、病原在体内复制的不确定性、检测方法的特异性、敏感性和重复性、处死动物的频率和要求、药物和疫苗的特殊要求等方面都会影响、限制模型动物的应用。如灵长类动物不可能像小动物一样要求遗传均一性和足够数量，甚至不能达到统计学要求的组(只)数。