实验动物设施的建设必须从下面5项原则出发，在科学上、伦理上及经济上进行全面综合协调。

(一)明确饲养实验动物的目的

实验动物设施是用于繁殖生产还是用于实验研究必须十分清楚。动物种类不同，饲养室面积，地面、墙壁、吊顶的构造，空调条件以及饲养的器具、实验设备都是不同的。

(二)维持动物舒适的生存环境

实验动物舒适的生存环境，不仅是社会进步的体现，同时也符合动物实验本身的要求。实验过程中，应该尽量减少因各种环境因素(温度、湿度、气流和空气洁净度等)导致动物生理上的异常，继而影响到动物实验结果的状况发生。除需要保障饲养室的环境外，饲养笼盒内的微小环境也需要得到重视。

(三)维持实验人员舒适的工作

适宜的实验室温湿度、气味、照度能够为实验提供舒适的工作环境。饲养、实验人员的劳动保护需要有效的空气调节措施和检测方法。同时，随着动物设施内的实验多样化和部分研究安全性等不可预测等因素的增加，使得现在新建改建的实验动物设施环境必须根据使用人员和有关专家的意见首先进行风险评估，从而确定空调系统的设计方式。

(四)防止实验动物设施影响周围的环境

应防止动物实验室散发的灰尘、毛发、气味、噪声等扩散到设施以外。因此，对于污水、污物和动物尸体等的处理方式都必须有充分的防污染措施。

(五)设施的运行应该是节能和经济的

实验动物设施内，空调每天24小时全年运行，特别是用于屏障、隔离环境这些有洁净度、温湿度要求的洁净空调，能耗十分可观。同时，饲养设备的消毒灭菌等都要消耗大量能源，因此有效的节能措施是必要的。