杂合子还是纯合子?细胞模型该如何选择
科研一直以来都是烧钱的活动,我想很多同学对此肯定深有体会。
以前我们老板买试剂
我买试剂
作为科研萌新,有时不仅得说服老板购买外包服务,同时还得与公司代理协商,真的是太难了。
比如说,我们要购买一个基因敲除细胞模型,公司提供了价格较低的杂合子与价格较高的纯合子,我们该如何选择?
纯合子与杂合子的区别
本着务实求真的科研精神,我们是不是需要先了解下纯合子与杂合子的区别?
图片来源:https://biologydictionary.net/homozygous/
在人和小鼠等二倍体生物的细胞中存在两个染色体组,在两个同源染色体相同位置出现的基因我们称之为等位基因。当这两个等位基因完全相同时,我们就说这个细胞是纯合子,而当两个等位基因不同时,这个细胞就是杂合子。也就是说,同一个细胞,在某对等位基因上是纯合子,在另一对等位基因上也可以是杂合子。
具体到基因敲除的模型构建上来说,单个基因的敲除,涉及到一对等位基因的敲除,和单个等位基因的敲除。自然而然的,敲除一对等位基因就比敲除单个等位基因的效率要低,因此工作量也就大很多,也就造成很多公司报价上的差异。
作为生命科学未来的“包工头”,以后分分钟要管理上千万的项目资金,我们肯定得科学地省钱,破除封建迷信,当然土豪随意。
纯合子、杂合子该如何选择
在利用功能缺失策略对基因进行研究时,也就是基因敲除啦,一般情况下我们都是需要纯合子敲除细胞系的(除非纯合致死)。这时候,我们要记住一点,在设计实验的过程中需要结合我们的实验目的和下游检测手段,最终设计出合理的上游实验。也就说,对于基因敲除的下游验证,一般是Western Blot和免疫沉淀(Immunoprecipitation, IP)。在Western Blot的验证中,野生型和杂合子相比,理论上目的基因的表达量只是减少一半,甚至有些时候因为遗传补偿效应目的基因的表达量减少不了一半。毫无夸张地说,杂合子的敲除细胞系还不如做个敲低稳定细胞系来得靠谱。因此,对于敲除细胞系,还是花点精力或费点经费整纯合子会靠谱点。
而在某些情况下,我们并不要求纯合子,杂合子细胞模型就能出色解决问题了。比如,我们一位同学想要研究目的蛋白在胚胎干细胞分化过程中的动态,这时就涉及到了蛋白体内动态模型的模拟和构建。由于是个动态过程,细胞需要进行分化,而且目的蛋白的调控方式不能被改变,因此只能通过KI(knock in)的方法在目的基因的终止密码子前插入荧光蛋白标签,而后续涉及到的是活细胞成像技术。在这种情况下,目的蛋白不需要做到蛋白定量,因此也就不需要要求纯合子。
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