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基于RIP-Seg技术检测MRTF-A结合RNA在小鼠MCAO/R模型中表达
2021年05月21日
来源:中国实验动物学报2020年第6期
作者:于志君 袁琼 金志刚 向梓非 龙萍 朱明 杨越旺 胡霞敏
责任编辑:yjcadmin
摘要:应用RIP-Seq测序技术检测小鼠MCAO/R模型中心肌素相关转录因子A(MRTF-A)结合RNA的表达差异,探讨MRTF-A潜在的作用机制。
目的 应用RIP-Seq测序技术检测小鼠MCAO/R模型中心肌素相关转录因子 A(MRTF-A)结合RNA的表达差异,探讨MRTF-A潜在的作用机制。
方法 将 C57BL/6 小鼠随机分成假手术组及 I/R 组,线栓法构建 MCAO 模型,再灌注 24 h后,提取脑组织总蛋白,利用 MRTF-A抗体免疫共沉淀后,进行 RNA 高通量测序,获得 MRTF-A结合 RNA 的表达谱,继而对差异 RNA 进行 GO、KEG 分析。
结果 与假手术组相比,I/R 组有 429 个 RNA发生差异表达(上调 203,下调 226),并且在功能元件和染色体分布上均具有显著差异。GO 分子功能分析显示,差异表达 RNA主要富集 RNA结合、Poly(A)RNA结合等注释。KEGG通路分析显示 10 条通路被显著富集,其中雌激素信号通路富集最显著。
结论 在脑I/R损伤时MRTF-A结合RNA表达谱发生差异改变,为深入探讨 MRTF-A 的分子机制提供理论依据。
阅读原文:基于RIP-Seg技术检测MRTF-A结合RNA在小鼠MCAOR模型中表达.pdf
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