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小鼠基础知识四|Dr.J教你如何精准选择小鼠品系

2022年11月17日 浏览量: 评论(0) 来源:杰克森实验室 作者:杰克森实验室 责任编辑:lascn
摘要:我们需要考虑哪些因素来选择合适的小鼠品系以实现研究目的?如何使用已有的数据库来检索所需小鼠?在小鼠基础知识系列第四讲,Dr.J来给大家讲一讲解决这两个问题的思路。

我们需要考虑哪些因素来选择合适的小鼠品系以实现研究目的?

如何使用已有的数据库来检索所需小鼠?

在小鼠基础知识系列第四讲,Dr.J来给大家讲一讲解决这两个问题的思路。

1选择小鼠品系需要考虑的因素

在选择小鼠品系时,我们需要将考虑的因素分为两类:

最主要的一类因素是指与研究直接相关的要点:包括感兴趣的基因,突变类型、疾病类型以及需要解决的科学问题等,这类因素通常可以与研究团队内部深入探讨,基于对模型构建原理以及研究目的的深入理解做出判断和选择。

除了上述因素,实际上还有很多与小鼠模型相关的其他因素可能会影响您的研究,如果提前了解这些因素,则可以规避风险。

这里我们列出一些常见的影响因素以供参考:

▲ 同样的突变在不同的遗传背景上,表型可能会有所差异。(也因此,遗传背景与实验设计中,对照组的选择有密切的关系。(点击查看:小鼠基础知识系列一|如何选择对照小鼠

以5xFAD阿兹海默症小鼠为例:

B6.Cg-Tg(APPSwFlLon,PSEN1*M146L*L286V)6799Vas/Mmjax (strain#:008730)

B6SJL-Tg(APPSwFlLon,PSEN1*M146L*L286V)6799Vas/Mmjax (Strain#:006554)

上述两个小鼠品系具有相同的突变转基因,但是遗传背景不同,strain#:008730 是C57BL/6J遗传背景,strain#: 006554是C57BL/6 和SJL混合遗传背景。混合遗传背景的5xFAD小鼠(Strain#:006554) 的疾病表型较B6遗传背景的5xFAD小鼠(strain#:008730)严重并且发病更早。因此要根据具体实验设计,做出合理的品系选择。

▲ 不同亚系的小鼠,尽管名称相似,表型却有可能不同。

以C57BL为例:

目前C57BL具有多种不同亚型,包括最常见的C57BL/6J (strain#:000664), C57BL/6N (strain#:005304), C57BL/10J (Strain#:00665),而不同亚系之间由于遗传漂变逐渐固定,在神经生物学,代谢,免疫等多方面均呈现表型差异。

▲ 对基础背景品系的研究有助于理解重组近交系小鼠的特征,进而选择合适的重组近交系小鼠品系进行研究。

▲ 对于移植相关的研究,需要提前了解该种群不同个体之间组织相容或排斥的情况,以避免影响您的研究。因为即使是近交系,在高度近交60代之前,也很难保证100余个组织相容相关的基因位点完全纯合。

▲ 请提前确保您的设施满足所要引进品系的饲养和实验需求。

▲ 在选择和引入一个全新品系时,需要尽可能地了解品系特征,制定配繁方案,并于饲养人员和供应商的技术部门进行沟通,以确保他们能正确繁育您的特定品系。

2小鼠数据资源库,检索合适的小鼠品系

在完成研究框架构建的思考后,可以根据感兴趣的基因,突变的类型或疾病类型使用以下数据库,对小鼠品系进行检索。以下三个数据库是最常用的小鼠信息数据库:

1、JAX® Mice Database(JAX®小鼠资源库):www.jax.org/mouse-search(相关阅读链接:☞只要方法选的好,小鼠模型搜索没烦恼

杰克森实验室小鼠资源库目前保有12,500多个小鼠品系,该数据库为最常用的JAX®小鼠数据库。常见的查找方式有:

▲ 关键词搜索:下图为JAX®小鼠搜索引擎主页界面,可以通过品系货号(stock #)、品系名 (strain name)、等位基因名(allele)、基因名(gene)以及其他关键词(比如小鼠模型常用名:NSG、OT-1)等进行搜索。

WeChat Image_20221115105536.jpg

▲ 根据研究方向进行浏览:在搜索引擎主页的下方,分类总结了多种特色研究领域的相关模型,您可以点击进入,以快速查看相关研究方向的小鼠模型。

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在检索到感兴趣的小鼠品系后,详情页面提供各项关于该品系的信息,包括以下比较常用的内容。

▲ Detailed Description:基因或遗传信息,表型,适应领域及特殊注意事项。

▲ Development:小鼠的构建过程,引进JAX前后的繁育历史。

▲ Genotyping Protocols:基因型鉴定方法。

▲ Breeding Consideration:记录了小鼠品系与繁育相关特征和表型,对于存在繁育表现不佳和对环境敏感的小鼠品系,这里会列出非常有价值的繁育建议和注意事项。

▲ Breeding Strategy:提供了该小鼠品系在JAX®维系种群的配繁策略,可作为引进繁育对时的参考。

2、Mouse Genome Informatics(MGI):www.informatics.jax.org

WeChat Image_20221115105554.png

如图所示,该数据库可以从小鼠的遗传学、基因组学、突变表型和生物学数据等信息进行检索寻找合适实验目的的小鼠。

3. Mouse Phenome Database(MPD)phe

phenome.jax.orgnome.jax.org

全面的表型数据收集,尤其是近交系小鼠。可用于小鼠品系比较或者基础数据调研。

对不起,暂无资料。
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