直接在上生殖道接种CT，可使CT感染不依赖于鼠龄，更稳定地诱发不孕。Swenson等将MoPn直接接种于小鼠卵巢囊，接种6～9d后卵巢囊和输卵管炎症达到峰值，14d时多数小鼠出现急性或慢性浸润，输卵管管腔部分阻塞。Swenson的研究还显示MoPn接种可导致小鼠不孕。Tuffrey等将D、E血清型衣原体直接接种于小鼠单侧子宫或单侧卵巢囊内，小鼠均出现输卵管炎、子宫内膜炎。输卵管炎症在接种后2周最严重，可持续6周，常为双侧受累。用黄体酮预处理，这些损伤发展更为迅速。

上述动物模型模拟效果良好，却应用了外科手术方法接种，与人类CT的自然感染途径不同，可能导致宿主和输卵管局部防护机制的改变，有一定的限制性。