除了上文中介绍的作为活性泥的组成部分用于生活污水净化和作为环境监测指标以外，原生动物在实际生活中还有其他用途。

　 首先，由于原生动物可以选择性地取食某些细菌和真菌，并分泌抑制细菌与真菌生长的次生代谢产物，因而，还可用于土壤中细菌与真菌引起的植物疾病的生物防治。

　 其次，在勘探海洋或内陆石油资源中，海洋微体古原生动物起了很重要的作用，例如，孔虫、放线虫、沟鞭藻虫以及硅鞭毛虫，由于这些原生动物具有碳酸钙和硅质的外壳和骨针，在地质时期中就已经出现并演化和延续至今，因此它们能提供非常丰富的各个地质时期的环境和年代信息，有助于石油资源的勘探。

　 最后，由于原生动物的取食广、食量大、易繁殖、抗逆性强、其包囊状态能长距离运输等特点，科研人员正在研究如何更好的利用食藻性原生动物来控制由于蓝藻暴发所导致的水华现象（如滇池蓝藻暴发）。