有些原生动物对人的危害十分巨大的，据报告，有28种原生动物是人体寄生虫，如导致昏睡病的锥虫、导致人腹泻以及营养吸收障碍的贾第虫、导致生殖系统疾病的毛滴虫以及导致痢疾的阿米巴（也称变形虫），在我国被列入重点防治的五大寄生虫病（血吸虫病、疟疾、淋巴丝虫病、钩虫病和黑热病）中有两种是由原生动物导致的（疟疾由疟原虫引起，黑热病由利什曼原虫引起），此外，有些原生动物寄生在家禽和家畜身上，从而给人的生产、生活带来间接的更大的损失。