拟穴青蟹属大型海水蟹类，是我国重要的海水养殖和捕捞对象。日前，科研人员利用454二代测序技术对拟穴青蟹转录组进行了深度测序，现已获得540 Mbp的数据量、131万条高质量reads;同时，还鉴定出1.9万多个微卫星序列和3.6万多个snp位点。

项目组针对转录组来源的信息进行深入挖掘和应用，共开发出164个多态性微卫星标记，验证了91个SNP位点，获得了线粒体全基因组序列，其中3个微卫星标记与12个表型生长性状之间具有显著的相关性，初步确定了Scpa36位点的BC基因型、Scpa75位点的BC和BD基因型及Spm30位点的AC基因型，在拟穴青蟹选择育种中具有最大的辅助育种潜力。