鱼类动物胚胎发育上的机制与哺乳动物非常相似，许多重要的调控蛋白的表达时空类似于哺乳动物。在研究中，体型小、生长快、繁殖力强的鱼类备受青睐，斑马鱼、青鳉就是发育学研究的好对象。斑马鱼3个月达到性成熟，条件合适隔几天就可产卵一次，胚胎体外发育，而且胚胎在体外1天的发育程度就相当于人类胚胎3个月的发育水平。胚体透明，可观察象原肠期的细胞运动、脑区形成和心跳等胚胎发育事件；结合嵌合克隆和颜料示踪等分析法，可跟踪细胞的发育命运，进行细胞的谱系分析，应用于组织器官的起源研究。

    鱼类大多体外受精，从单细胞发育成个体过程都脱离了母体，是研究发育过程基因调控与功能的优良材料，适合做发育的分子机理的探索。脊椎动物的克隆技术是从鱼类核移植发展起来的。转基因技术也应用于鱼身上，转入荧光蛋白基因的青鳉和斑马鱼已开始出现于观赏鱼市场。，鱼类有大量的胚胎，且产卵时间是可控的，为胚胎干细胞的研究提供便利。