RNAi是通过引入sirna或者shRNA，让细胞降解相应的mRNA，通过功能缺失表型来进行基因筛选。不过RNAi比较容易出现错误，siRNA/shRNA的脱靶效应会引起假阳性结果，siRNA/shRNA缺乏活性会引起假阴性结果。

 

    此前，加州大学旧金山分校的研究团队通过建立超复杂混合shRNA文库(ultracomplex pooled short-hairpin RNA libraries)，在很大程度上克服了RNAi用于全基因组筛选时的脱靶效应。现在他们通过系统改良进一步增强了shRNA的活性，向人们展示了靶标人类和小鼠基因组的新一代shRNA文库。这一成果发表在近期的美国国家科学院院刊PNAS杂志上，文章的资深作者是加州大学旧金山分校的Jonathan S. Weissman和Martin Kampmann。

 

    Weissman等人之前还开发过基于CRISPR的基因筛选技术，称为CRISPR干扰(CRISPRi)。CRISPR原本是细菌抵御病毒的重要武器，现在它已经成为了科学研究的强大工具。虽然CRISPRi在哺乳动物细胞中有很大的应用潜力，但在某些情况下RNAi筛选依然是研究者们的首选。

 

    在这项研究中，研究人员对自己的shRNA文库进行了多方面的优化，包括向导链的选择以及shRNA表达的启动子和micrornA环境。他们还考虑到了筛选后的样本制备，以便进行深度测序。研究人员建立了靶向人类和小鼠蛋白编码基因的新一代文库，并根据生物学功能将其分为12个亚文库。

 

    研究表明，新一代RNAi文库在测试中的表现与CRISPRi旗鼓相当，能够获得高灵敏度和高特异性的互补性结果。