核心种群是为生产鼠群提供种鼠的种群，对于近交系则核心鼠群就是基础鼠群，其饲养管理比生产鼠群更细致。要根据育种计划进行配种留种，选2～5胎的仔鼠留种，新生仔鼠按1：1的比例选留，哺乳期可延长至23天。