生物安全防护水平为二级的实验室适用于操作能够引起人类或者动物疾病的微生物，但这类微生物在一般情况下对人、动物或者环境不构成严重危害，传播风险有限，被感染后很少引起严重疾病，并且具备有效的治疗和预防措施。与BSL-1实验室的主要区别在于：①操作致病微生物；②实验活动种类多；③实验室感染概率高，后果一般不严重。

1．生物风险

生物安全二级实验室操作对人类或者动物致病的微生物，有生物风险。而且，这类实验室众多、工作量大、工作种类多、样本复杂、从业人员多、未知因素多、安全意识相对弱，是生物安全事故发生概率最高的一类实验室。据统计，原因不十分明确的感染事件占所报道事件的80％以上。经手感染(还包括直接或间接污染其他部位导致的感染)和呼吸道感染可能是最主要的风险。

风险等级为Ⅱ级的病原，可对个体产生不同形式和不同程度的损害，甚至导致死亡。由于样本复杂，可能包含未知病原或高风险等级的病原，有导致严重后果的潜在危险，包括在个体之间的传播。比如，北京的实验室SARS病毒感染事件就是发生在生物安全二级实验室。

2．主要防护措施

(1)硬件

——洗手池；

——废物消毒(高压蒸汽)和处置设备；

——屏障设备(如：生物安全柜)。

(2)个体防护

——普通防护，但需要评估。

(3)管理

——实验人员均需要接受操作微生物的专业培训；

——应有在微生物学或相关学科受过良好训练的技术人员和监督人员；

——标准微生物操作规范；

——良好内务；

——进行实验时，限制进入实验室；

——实验室进入管理；

——实验室通用安全规范；

——建立安全管理体系。