向构成哺乳动物身体的三个主要细胞系的分化发生在原肠胚形成过程中，在此过程中细胞进入胚胎里面。引导原肠胚形成的分子事件仍不清楚，因为一次只有非常少的细胞分化，使得这一过程难以分析。人们认为，在单细胞层面分析这些事件可帮助了解器官是怎样形成的。Berthold G?ttgens及同事采用单细胞测序方法分析了来自处于原肠胚形成过程中的小鼠胚胎的超过1000个细胞的转录组，获得了关于原肠胚形成过程中早期中胚层形成的出乎意料的信息。

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