无尘室洁净度之维持和控制，除了硬设备之配合投资外，也需要良好的软件——管理制度来搭配，方能维持良好的洁净度；无尘室运转管理，可依作业人员、原物料、设备及无尘室内所用东西等加以探讨；无尘室内系统除了通称的空调系统之外，制程设备也包括在内，本节将对该二系统之运转维护及保养做一概略说明。
污染源控制

无尘室洁净度之维持和控制，除了硬设备之配合投资外，也需要良好的软件——管理制度来搭配，方能维持良好的洁净度。无尘室内之微污染来源，经测试分析结果，作业人员占约80%。

无尘室的污染源可分为外污染及内污染源。外污染源主要包括空调送风、间隙渗入、建筑物、工作服、风管材料以及一般性气体如N2、O2、Air、给水、溶剂等；而内污染源则包括制程设备、工作人员、工具、加工制程、隔间材料、工作桌、包装材料等。

对硅芯片而言，微尘粒子之附着将造成集成电路线路的变形或短路，使芯片失去运作功能，因此微污染源的控制已成为无尘室管理的重要环节。表一为自然环境所测得的尘埃浓度，可为设计参考，而在微污染控制，其基本原则有四：

1.外部尘埃侵入之防止：无尘室运转与维护管理

无尘室适当之正压保持（>0.5mmAq），做好施工工程之不漏气，人员设备、原材料搬入无尘室前先做好清洁擦拭等防尘动作，空气过滤器适当的管理和设置。

2.室内发尘之防止：无尘室运转与维护管理

隔间板、地板等无尘室材料的适当选用、制程设备的发尘抑制、生产自动化及人员不聚集、动作放松、洁净衣的管理、使用无尘室专用器等。

3.室内发尘之不积留：

墙壁体应光滑无死角、无尘室需定期保养和清扫、制程设备四周应留有空间。

4.发生尘埃之排除：

换气次数应足够，适当的空间布置以及污染源接排气和空调的气流速度须适当。