屏障环境的日常维持消毒分成以日为周期的消毒和以周为周期的消毒。

1．以日为周期的消毒  指饲养员进入屏障系统内每次操作结束后，清除室内笼架、地面等处沾染的碎屑，用消毒液全面擦拭笼架及地面，主要目的在于抹去碎屑及微尘，并在其表面滞留一层消毒液。消毒液主要选用0.1％苯扎溴铵与5％聚维酮碘，并轮流使用。

2．以周为周期的消毒  屏障环境在维持过程中，仅靠擦拭方法无法控制环境的微生物数量，饲育室和清洁区的细菌常常超过SPF要求的范围，细菌种类也增加。因此，在维持消毒过程中增加了以低浓度、小剂量的全面喷雾方法，可以有效、持久地使屏障系统的微生物学品质得到稳定控制。其方法是指每周一次对屏障内所有饲养室内的笼架具、吊顶、墙壁、地面及洁净准备间、走廊、更衣室、淋浴室等进行彻底喷雾消毒，所选用的消毒液一般为0.2％过氧乙酸、1％聚维酮碘、0.5％消毒灵等几种轮流使用，剂量一般为20～30ml／m³。