应用于科学研究的实验动物必须排除一些微生物，包括人兽共患病原、动物的疫病和一些严重干扰研究的病原体。 排除一些特殊病原体的动物叫做SPF动物。 有一些条件致病菌对于免疫机能正常的动物没有致病性，因此他们在某些动物种群并未列为SPF排除的病原，例如绿脓杆菌和金黄色葡萄球菌。国内外实验小鼠质量检测中经常发现β链球菌、产酸克雷伯氏菌、肺炎克雷伯杆菌等条件致病菌。

然而不同品系的CC小鼠免疫机能存在差异，某些在免疫功能健全的小鼠上的条件致病菌在某些CC品系可能就是严重致病微生物。例如绿脓杆菌在自然界广泛分布，主要通过接触和空气传播，属于不易排除的病原微生物。 而不同品系的CC鼠在感染绿脓杆菌后，动物的存活时间及存活率不同，其中IL256、IL521、IL2689、IL3438品系小鼠感染后平均存活时间最长；IL711、IL1061、IL188、IL2126、IL1912品系小鼠感染后的平均存活时间最短。因此对于CC小鼠的，SPF排除病原的范畴可能也要进行更多的考虑。

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