不同性别动物对许多实验处理的反应是有差别的。如对药物敏感性差异、对各种刺激的反应性等，因此，动物的性别往往是动物选择中的一个重要环节。动物性别判断主要是根据生殖器和第二性征。

一、小鼠、大鼠、地鼠的性别判断

性成熟的动物性别判断比较容易，通过观察外生殖器的形状和位置就能判断。雄性动物，生殖器与肛门间的距离较大，用手指轻捏外生殖器，可见阴茎凸出和膨起的阴囊。雌性动物生殖器与肛门间的距离较小，并能看到阴道口，乳头明显。

幼鼠的性别可以通过会阴部生殖器与肛门间的距离来判断。两者之间的距离较远的为雄性。距离较近且有1个无毛小沟的为雌性。

二、豚鼠的性别判断

通过外生殖器的形态可以判断豚鼠的性别。用拇指及食指将靠近生殖器的皮毛扒开，暴露出生殖器。雌性豚鼠外生殖器阴蒂突起很小，按住突起，拨开皱褶，可看到阴道口；雄性豚鼠外生殖器突起较大，可以看到有包皮覆盖的阴茎的小隆起和突出的龟头。

三、家兔的性别判断

新生仔兔的性别判断比较困难。雌雄是根据肛门和尿道开口部之间的距离以及尿道开口部的形态来判断。①肛门和尿道开口部之间的距离，雄性的是雌性的1.5～2倍，手指压靠近尿道开口处的下腹部，雌性仔兔的肛门和尿道开口部的距离不明显伸长，尿道开口依然指向肛门方向；雄性仔兔则距离明显伸长，尿道开口与肛门相反的方向。②尿道开口部的形态，雌性仔兔的尿道开口部的形态是裂缝，细长形；雄性仔兔尿道开口部的形态则是圆筒形。

成年雌性家兔可见阴道口的存在和明显乳头存在。成年雄性家兔可见阴囊及其内的睾丸，有突出的外生殖器。

四、犬、猴、猪的性别判断

这种大型动物的性器官性别差异明显，出生后就可判断出雌雄，雄性的动物有突出来的阴茎和阴囊。雌性动物有一明显的阴道口。