四川农业大学动物遗传育种研究所九月初在International Journal of Biological Sciences上发表了题为“Repertoire of Porcine MicroRNAs in Adult Ovary and Testis by Deep Sequencing”*的论文,作者利用深度测序技术,深入研究了microRNA在猪成熟卵巢和睾丸中的表达图谱。此项研究由四川农业大学李学伟教授(通讯作者)和李明洲博士(第一作者)领导的课题组与美国休斯顿大学,LC Sciences公司等机构的科研人员合作完成。
microRNA(miRNA)是一大类短小的内源性RNA,已知它们可以在转录后水平上抑制基因表达,并参与了几乎所有的细胞生理过程。miRNA表达水平的变化与许多疾病密切相关。卵巢卵泡发育与睾丸生精功能是复杂而又协调的生理过程,其中大量基因的严密调节表达和相互作用可能会受到这些miRNA的调控。识别和初步表征生殖腺特异表达的miRNA将是透彻了解由miRNA介导的转录后基因调控在哺乳动物生殖过程中所起作用的先决条件。
研究人员利用深度测序技术(Solexa测序),对成熟卵巢和睾丸内的猪miRNA表达谱进行了鉴定,并利用专门开发的生物信息学分析管道对测序数据进行了深入分析。将可信的成熟miRNA同其它种类的小分子RNA进行了区分。通过这种方法,研究人员共检测到582条前体发夹序列(miRNA前体),编码732条成熟miRNA,其中673条为单一序列。统计学分析显示,224条miRNA(占673条的33.28%)在卵巢和睾丸文库之间存在显著差异表达(P < 0.001)。大多数位于X染色体(伴X染色体miRNA)的差异表达miRNA(34条中的24条,占70.59%)在卵巢中的表达较睾丸中显著上调(P < 0.001)。可以预见,伴X染色体miRNA为睾丸优先表达或睾丸特异性表达模式。为了探究伴X染色体miRNA在基因组定位簇之间共表达的可能性,研究人员采用实时荧光定量PCR(q-PCR)技术,考察了在7种常见猪组织中miRNA位点的间隔距离与32个高置信度伴X染色体miRNA共表达模式之间的关系。实验结果显示,邻近的miRNA对常会共同表达,暗示50kb基因组距离内的miRNA通常来源于共同的转录本。