基因组分析能够揭示有可能决定着物种间差别的蛋白编码变化，但物种之间基因型差别中很多都是影响基因表达的调控性突变所造成的结果。Brawand等人利用高吞吐量RNA测序方法来研究来自所有主要哺乳动物分支的10个物种的六大器官（皮层、小脑、心脏、肾脏、肝脏和睾丸）中哺乳动物转录组的演化动态。他们所取得的发现之一是器官和物种之间转录组差异的程度，同时他们还识别出了可能是由选择性驱动的表达开关，这些开关可能决定了特定器官的生物学特征。