编者:1988年《实验动物管理条例》发布实施,在实验动物工作规范化、法制化管理,保障实验动物和 动物实验的质量,推动我国科技发展和民生保障等方面发挥了重要作用。特别是在实验动物资源标准化、新品 种/品系开发和动物模型创制方面,取得了令人瞩目的成果。
根据国家科技资源共享服务平台建设的总体目标,建立中国实验动物信息网和实验动物资源数据库,收集、 整合、保存全国实验动物资源数据,推动实验动物资源共享。经过 20 年的工作,已经取得显著成果。
为此,借“科技资讯”之窗,陆续推出我国实验动物专家在此领域所作的工作及取得的应用成果。
实验动物信息资源共享发展20年
王晓明 陈梅丽 李会萍 杨锦淳 温金银 黄韧
广东省实验动物监测所
一、实验动物信息资源共享的背景和意义
实验动物是生命科学研究和生物医药产业发展的基础和重要支撑条件。医药、化工、农业、轻工、商检、 环保等科学研究和应用,都要用到实验动物。1988年,为加强实验动物管理,保证实验动物质量,经国务院 批准,国家科学技术委员会颁布了《实验动物管理条例》。实验动物管理从此走上了标准化、规范化的轨道, 随着实验动物基础设施和条件、实验动物质量的全面改善和提高,品种品系的丰富,实验动物已经越来越多的 应用到科技创新研发和众多行业中,实验动物信息交流和共享的需求越发迫切。
1997年9月,国家科委、卫生部、农业部、国家医药管理局联合发文《关于“九五”期间实验动物发展 的若干意见》中明确指出实验动物产业发展的主要措施之一是“建立实验动物生产、供给和信息交流网络和有 关数据库”。
1998年,广东率先建成了国内第一个区域型实验动物信息网站——广东省实验动物信息网,1999 年,北 京市科委开发了北京科研条件信息网――实验动物子系统,信息化建设的有益尝试也为实验动物信息共享奠定 了重要的工作基础。2000年,广东实验动物监测所、中国水产科学院珠江水产研究所和北京市实验动物管理 办公室共同承担国家科学技术部基础性工作专项资金项目“建立中国实验动物信息网络”,开启了实验动物信 息资源共享建设的新纪元。
从 1998 年建立广东省实验动物信息网至今的 20 年时间,我国的生命科学研究和生物医药产业经历了前所 未有的快速发展,信息技术的发展更是风起云涌,瞬息万变,实验动物作为重要的科研支撑条件,也获得了长 足的发展,实验动物信息共享也从简单的信息、数据浏览,发展到信息综合服务、大数据分析利用,为实验动 物行业的发展创造了机遇和动力,也极大的促进了以实验动物为支撑的科技创新及相关产业的快速发展。 广东省实验动物监测所,作为中国实验动物信息网运行维护管理的承担单位,经过多年的发展,逐渐培养 出了一支专业的信息化开发、管理队伍,根据行业需求的不断变化发展,承担国家级及省级科研项目,逐步建 成了国家实验动物资源库、实验动物图像数据库、实验动物监测数据共享平台、实验动物疾病模型数据库、实 验动物从业人员网络培训考试系统、实验动物专家咨询平台、实验动物一站式采购平台等一系列以中国实验动 物信息网为基础的行业信息及应用服务平台,目前,中国实验动物信息网已经成为行业用户广泛关注的综合性 的信息资源共享平台,为实验动物及其相关行业的发展做出了应有的贡献。
2010年,科技部批准,依托广东省实验动物监测所成立国家实验动物数据资源中心,负责信息网站平台的运行维护管理以及实验动物信息资源的共享利用工作。
二、实验动物信息资源共享建设
1.信息资源共享门户——中国实验动物信息网
1.1 基本情况介绍
中国实验动物信息网(www.lascn.com)是国家级的实验动物专业门户网站平台,提供实验动物相关的管理、生产、使用等的信息和数据资源查询检索和共享服务。
2000年1月,由国家科技部在广州主持召开的“全国实验动物信息网络建设研讨会”上,来自全国各省、自治区、直辖市的实验动物科技工作者代表对全国实验动物信息网络建设内容和形式进行了研讨,会议确定中国实验动物信息网建设由国家科技部成立全国实验动物信息网络领导小组和工作小组,领导小组办公室设在广东省科技厅。
2000年3月,国家科技部正式发文批复《关于成立“全国实验动物信息网络建设领导小组”的函复》(国科财便字【2000】026号)成立全国实验动物信息网络领导小组和工作小组,予以设计和实施。
同年,广东实验动物监测所、中国水产科学院珠江水产研究所和北京市实验动物管理办公室共同承担国家科学技术部基础性工作专项资金项目“建立中国实验动物信息网络”,项目的建设目标是:建立中国实验动物信息网络硬件设施及“中国实验动物信息网”网站。项目结合实验动物信息交流和管理等相关工作,以服务于实验动物工作者以及广大的相关用户为目的,研发具有经济效益和社会效益的实验动物数据库和网络系统,解决我国实验动物工作者之间信息即时沟通和信息量等方面所存在的问题。向广大用户提供大型的、可扩展的、安全的数据库及方便、实时、高效的数据双向信息服务网络系统。
2001年,中国实验动物信息网站建成上线运行,项目组组织开展了全国范围的信息采集、发布和共享推广工作,经过一年多的实施,已完成全部项目指标,按计划 2003 年初进行项目验收,由于 SARS 原因,项目验收被迫延迟,于 2003 年 11 月向科技部提出了结题申请,2004 年,项目完成结题验收。2008 年 5 月,“建立中国实验动物信息网络”项目获广东省科学技术二等奖。
2008 年、2014 年中国实验动物信息网站经过两次升级改版,从页面版式、栏目模块到功能操作、用户体验都有了全新的改观,并根据需求扩充了更多的业务子站和数据库,使得网站有了更坚实的发展基础和更广阔的发展空间,为中国实验动物信息网面向实验动物科技工作者,提供内容丰富的实验动物信息资源共享服务,奠定了良好的基础。
1.2 主要的栏目内容、特色板块和旗下网站
中国实验动物信息网的信息板块主要包括新闻资讯、行业管理、产品服务、知识频道、互动交流共五个部分。其中新闻资讯包括:通知通告、行业新闻、研究进展、专题专栏等;行业管理包括:政策标准、许可证管理、种子中心、省级站点等;产品服务包括:产品中心、技术服务、企业专栏、会展活动等;知识频道包括:
科普天地、期刊书籍、实验技术、饲养管理等;互动交流包括:在线调查、网上咨询、话题讨论、意见反馈等。内容涵盖了实验动物行业的生产、管理、科研、教学、产业应用、检验检测等方方面面,既可进行实验动物许可证、动物检测报告查询,动物合格证、设施使用证明的查询,也可进行从业人员继续教育网上学习,还可以通过实验动物产品中心,检索合适的实验动物、实验产品和服务,形成了集信息资讯、行业管理、产品服务、技术交流、业务查询于一体的行业综合性信息服务网站。中国实验动物信息网特色板块包括会议报道、人物专访、通知通告、专委会简报、热点关注、专家讲座、许可证查询等,内容主要通过信息编辑现场采访、通讯员供稿获得,因而内容详实,发布及时,受到行业用户的广泛关注。
中国实验动物信息网的旗下网站包括:国家实验动物资源库、实验动物监测数据共享平台、实验动物疾病模型数据库、实验动物从业人员网络培训考试系统、实验动物专家咨询平台、实验动物一站式采购平台、广东省实验动物信息网,许可证查询管理系统平台等,通过中国实验动物信息网的站点和内容链接,形成方便快捷的信息综合访问。在移动端访问的应用方面,开通了中国实验动物信息网微信公众号、广东省实验动物信息网微信公众号等多个信息资讯平台。
1.3 数据来源和运行管理
国家实验动物数据资源中心承担了中国实验动物信息网及其旗下全部网站的运行维护管理、信息采集和宣传推广等信息共享工作。
2014年,中国实验动物信息网全新改版上线后,为了保证网站数据的真实、有效、丰富、及时,面向全国实验动物管理机构招募信息管理通讯员,负责各省实验动物相关管理信息的收集、录入和发布,得到了各省市实验动物管理机构的大力支持,截至目前为止,已经形成了覆盖全国 31 个省份和直辖市的,有 80 多位行业管理人员和专家加盟的通讯员队伍,极大的保证了网站信息内容的真实性、权威性和及时性。
国家实验动物专家委员会的专家们,为网站的信息资源获取和审核提供了极大的支持和帮助,人物专访通过专家视点解析目前行业关注的话题和热点,专家咨询也由行业专家亲自答疑解惑,资源数据也是由行业专家对入库数严格审核把关,行业专家的辛勤付出造就了实验动物信息资源共享的内容丰富和专业有效。
中国实验动物信息网及其旗下网站的运行有专业的网络机房环境、服务器设施设备和网站运维人员。其中150平米的机房及管理空间,配备了在线式稳压不间断电源,防静电及温湿度控制,监控报警等设施设备,电信光纤专线宽带接入,专业级的网络防火墙和交换机设备;服务器设备运行在 Windows 网络操作系统下,使用Oracle 和 Microsoft SQL server 数据库管理,具有高可用性和高安全性;网站运维人员包括网络管理、网站编辑、美工、程序设计、数据分析、网站推广等专业技术人员,按照国家相关规范和要求进行网站及信息管理,无偿为全社会提供实验动物信息和数据服务。
1.4 建设成效
经过多年的开发和运行,截止 2018 年 9 月,中国实验动物信息网累计发布行业信息 4.5 万条,制作会议、人物、行业大型专题报道 125 个,实验动物技术、学术讲座视频 430 个,发布国家实验动物专家委员会工作简报174 期,“实验动物+”科普连载 62 期,收录行业政策法规 195 个,国家标准 121 个,地方标准 114 个,团体标准 56 个,发布《中国实验动物学报》、《中国比较医学杂志》、《实验动物科学》、《实验动物与比较医学》等期刊文献 1038 篇。与清华同方光盘股份有限公司签订了《<中国知识资源总库>CNKI 网格资源共享平台加盟协议书》,应邀成为《中国知识资源总库》合作专业数据库,网站累计访问量 420 万人次,中国实验动物信息网及其旗下网站累计获得计算机软件著作权 13 项。
2.数据资源的共享利用——国家实验动物资源库
2.1 数据库建设和功能介绍
国家实验动物资源库(www.lasdr.cn)主要保存国家实验动物种子中心、特色实验动物资源保存单位、实验动物生产使用单位等的实验动物资源的生物学特性数据和图像数据,提供全社会无偿共享,实现生物学特性数据和图像数据的有效利用,以数据资源共享带动实物资源共享。
2003 年-2005 年,广东省实验动物监测所承担国家科技基础条件平台项目“实验材料共性描述标准与规范的研究制定及共享试点建设”(项目编号:2003DIA3N020)子课题“实验用猴描述标准和规范的研究制定及共享试点建设”任务,建成了国家实验动物资源库。主要保存实验动物基本信息、遗传数据、生理数据、生化数据和解剖数据,共 5 大类 220 多个数据项,用于实验动物生物学特性数据的采集、保存和共享利用。
2005~2007年,在国家科技基础条件平台项目“实验动物遗传资源共享平台的建设”(项目编号:2005DKA21500)的子课题“实验动物生物学特性数据录入”任务中,按照规范要求,对各单位提交的实验动物生物学特性数据进行了细致的整理和录入保存。
2013 年-2015 年,在国家实验动物资源库的基础上,再次承担国家科技支撑计划项目子课题《实验动物质量评价方法及其标准化研究与应用》(项目编号:2013BAK11B02)的研究工作,完成了实验动物图像数据库的建设。实验动物图像数据库作为国家实验动物资源库的一部分,用于收录保存实验动物的组织图谱和解剖图谱数据,补充了早期建成的国家实验动物资源库缺少实验动物图谱数据的不足,自此,形成了完整描述实验动物资源的生物学特性数据和图像数据库。
国家实验动物资源库整体采用 B/S 架构、Oracle 数据库管理技术以及 java 语言面向对象基于服务的开发技术进行设计开发,支持多种操作系统平台,可实现灵活、快速的移植,技术架构灵活、稳定、安全、易扩展。数据库分为前端的信息查询平台和后端的系统管理平台。前端的信息查询平台能够实现各类实验动物生物学数据和图像数据的查询、检索、比对和统计,还能获取资源建设的最新资讯、种子中心动态、相关规范标准等。主要栏目有:最新动态、通知通告、政策法规、标准规范、资源建设、动物资源、共性描述数据、生物学特性数据、图像数据等。后端的系统管理平台主要实现各类信息数据的录入、审核、发布、修改、删除、统计操作,系统设置,角色权限的分配,数据安全的管理,工作任务提醒等,主要功能包括:信息管理、标准管理、表单管理、数据管理、文件管理、权限管理、系统管理、查询统计等。
实验动物资源数据库管理系统和实验动物图像数据库管理系统分别获计算机软件著作权登记(证书号:软著登字第 0273413 号和软著登字第 1060830 号)。
2.2 数据规范和标准的制定
2003年,在国家科技资源共享平台“实验材料描述标准和规范的研究制定及共享试点建设”的工作中,中国药品生物制品检定所、北京市实验动物管理办公室、南京大学模式动物遗传研究中心、广东省实验动物监测所等单位,以及国家实验动物种子中心和主要资源保存单位,共同研究制定了实验动物资源采集、入库相关的标准和规范,包括《实验动物资源共性描述规范》、《实验动物生物学特性数据采集技术规程》、《实验(啮齿类、猴、犬、禽、兔等)生物学特性数据测定技术规程》、《数据测定基本情况说明》等,为数据资源的规范保存和共享奠定了基础。
2013年,在国家科技支撑计划项目《实验动物质量评价方法及其标准化研究与应用》和《实验动物质量监测体系的完善与检测关键技术研究》的研究工作中,开展了实验动物资源数据库质量控制措施和资源准入机制的研究工作,完成《实验动物资源图像数据共享规范》、《实验动物种质资源数据管理办法》和《实验动物生物学特数据审核与发布管理办法》等制度的制定。一系列规范的实验动物测定、采集、描述、入库、审核、发布、管理、共享制度,实现了实验动物资源数据的高质量入库、完整保存、实时有效、便捷可用,为实验动物数据资源的深入利用奠定了重要基础。
2.3 数据的采集、保存、管理和应用
实验动物资源的生物学数据和图谱数据主要来源于按照标准规范的测定、采集和整理,是生命科学研究中 必不可少的基础数据。国家实验动物种子中心和特色资源保存单位,以及使用实验动物的科研单位,通过将获 得的实验动物资源数据提交到国家实验动物资源数据库,获得平台统一规范的资源编码,实现资源的入库,在 资源数据发生变化时,及时对数据库进行数据的补充和更新,以保证资源数据的完整有效、实时可用。 数据采集、更新的管理机制:一是通过系统权限控制,实现安全、快捷的数据交汇、审核和发布,权限包 括:单位管理员,专家组长、专家和系统管理员权限。机制如下:各资源单位管理员按照规范要求整理数据, 通过网站平台远程录入数据,专家按研究领域通过网站平台进行数据审核,系统管理员对通过审核的数据进行 发布,权限分明,责任清晰。二是国家实验动物种子中心和特色实验动物资源单位每年召开发展研讨会,通报 新资源和新数据的发展计划,协调资源建设和入库共享的各项工作。三是建立工作交流群,资源单位指定数据 管理员和平台管理员进行对接,互通信息,对数据及时更新。
国家实验动物资源库提供数据的查询、检索、比对、导出、打印等操作,为数据的分析利用和实验动物的 选型提供了便捷的工具。其中数据的比对是主要的特色功能,它能够对不同种类动物、不同品种品系的动物、 不同单位的同类动物、同一动物的前后时期等数据进行比对,找出最适合开展实验的动物,并通过资源保存单 位联系方式找到相关的实验动物,对动物实验的优化、减少动物使用等都有着积极的作用。
从数据库建成至今,得到了国家科技基础条件平台、科技支撑计划课题工作以及广东省科技厅省级科技计划项目的支持,持续不断的采集、更新、保存实验动物资源生物学数据,提供免费的开放共享。截止 2018 年 9 月,数据库中保存了包括大鼠、小鼠、猴、犬、猪、鸡、兔、鱼、树鼩等共计 16 大类 207 个品种品系的 40759 组生物学数据和 1524 组图谱数据,是目前国内保存实验动物最为丰富的实验动物资源和图像数据库。
国家实验动物资源库作为中国实验动物信息网旗下主要的数据资源共享平台,有广泛的应用基础,作为中 国科技资源共享网(escience.org.cn)实验动物资源专业数据的提供平台,用户已经遍布各行各业。目前, 通过中国实验动物信息网站平台、微信公众号等的广泛宣传、推广,建立和行业各省级实验动物网站的相互链 接,国家实验动物资源库已经越来越多的发挥出其专业平台的作用,为生命科学研究提供着重要的数据支撑。
三、新形势下信息资源共享的发展思考
实验动物行业的发展,用户需求的提升,以及信息技术的更新迭代,既对实验动物信息资源共享提出了新要求、新目标,又为实现信息资源共享提供了更多的新技术、新方法。未来,实验动物信息资源,作为重要的 科技基础资源,应该更深入、更紧密的融入到其支撑的应用领域,用户对信息的获取应该更加便利,大数据的 分析利用应该是无处不在,方便快捷,因此,以应用需求为导向,开展行业基础数据的采集布局,搭建大数据 分析应用平台,深入开展数据的共享利用服务,将是未来信息资源共享利用的重要工作任务,期待未来实验动 物信息资源的共享利用能够为我国科技创新发展、生命科学研究、生物医药产业的发展插上翱翔的翅膀。