黑腹果蝇的特点是易于培养、繁殖和经济。因为只有四对染色体，黑腹果蝇成为最常见的研究基因变异的对象之一。黑腹果蝇对微生物的防御缺乏获得性的成分，仅仅依赖天然免疫，这一特征与基因的易处理性使其成为不受获得性免疫的干扰研究天然免疫的理想动物模型。有学者研究证实，在黑腹果蝇Toll样受体已经作为一种关键的防御真菌及革兰阳性细菌的反应，在Toll通路受损后，生物体感染真菌后的生存概率减少。Apidianakis等研究发现在果蝇体内注入新生隐球菌可使其致死，而注入酿酒酵母或其他非致病性的隐球菌则可以使其继续存活。研究还显示对哺乳动物具有毒力作用的新生隐球菌蛋白激酶A和 RAS传导通路在杀死果蝇的过程中也发挥了作用；而在果蝇天然免疫中扮演重要角色的Toll样受体通路并没有显示出防御功能，但该通路对防止病原菌播散以保证果蝇的存活是必需的。已有作者建立Toll受体功能缺失果蝇念珠菌病模型，并且利用这一模型研究念珠菌属的毒力特性时显示出与小鼠模型中相似的结果，因此推断该模型可作为一种研究宿主功能基因与念珠菌毒力基因相互作用的模型。研究发现该果蝇模型对白念珠菌的易感性增高，而且相对于白念珠菌光滑念珠菌的毒力较弱。cph1/cph1或efg1/efg1基因突变的白念珠菌毒力减弱，上述两种基因同时突变的菌株对果蝇几乎没有毒力。此外，还有作者通过将多西环素或氟康唑参入果蝇的食物中来研究tet-NRG1白念珠菌株的毒力变化以及氟康唑对白念珠菌和克柔念珠菌的疗效。