(一)蛋白质标记选择

在众多的蛋白质和微卫星标记中，以哪些标记作为遗传控制的标准，本课题组参照前人在猪品种中做过的标记位点、建立的方法，以及哺乳动物实验动物小鼠和大鼠的位点的标准，考察这些位点在染色体的分布。选择的标记如表1-27所示。

(二)蛋白质标记选择

选择可以代表实验用猪特点的6种标记如表1-28所示。

(三)蛋白质标记检测方法

蛋白质标记检测方法采用最常用的不连续垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳法。具有如下优点：在一定浓度时，凝胶透明，有弹性，机械性能好；化学性能稳定，与被分离物不起化学反应；对pH和温度变化比较稳定；几乎无电渗作用，只要纯度高，操作条件一致，样品分离重复性好；样品不易扩散，且用量少，灵敏度可达1μg；凝胶孔径可调节，根据被分离物的分子量选择合适的浓度，通过改变单体及交联剂的浓度调节胶孔的孔径；分子筛和电荷效应为一体，因而较醋酸纤维素薄膜电泳、琼脂糖电泳等有更高的分辨率。判型依据原则：电泳后谱带按其迁移快慢来确定基因型。命名原则是：从阴极端(－)向阳极(+)迁移最慢的谱带定为AA型，快者依次定为BB型、CC型等。

(四)研究结果

三个小型猪品种6个蛋白质标记的等位基因频率及其基因型频率分布见表1-29和表1-30。依据三个小型猪品系在6个蛋白质标记等位基因频率的分布差异性，可进行三个品系间品种鉴定工作，即利用Tf C、D和Pi-2 AA、Po-1 BB或AKP AA每一个蛋白质标记均可鉴定贵州实验用小型猪；利用 AKP AA可分辨出WZSP，利用Po-1 BB，Tf AA可分辨出广西实验用小型猪，也就是说AKP蛋白质标记AA型为WZSP近交系特有的遗传标记；Po-1 AA和Tf AA为广西实验用小型猪蛋白质标记基因特有的遗传标记，可以此类推贵州实验用小型猪的特有遗传标记。

蛋白质标记检测采用了最常用的电泳方法，对该近交系与贵州小型猪、广西巴马小型猪比对，所得出的6种蛋白质标记的等位基因频率及其基因型频率分布见表1-31及续表。

研究发现：依据三品系实验用小型猪在6个蛋白质标记等位基因频率的分布差异性，发现AKP蛋白质标记AA型，可作为该近交系与贵州、广西巴马小型猪品系间鉴定方法之一。